如何使用iTOL在進化樹中添加熱圖

這篇文章主要介紹如何使用iTOL在進化樹中添加熱圖，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

使用的工具依然是iTOL這款在線軟件，可點這里 繪一棵超酷炫的系統發育樹 了解iTOL的使用方法。基礎的使用方法就不再講述了，只對配置文件進行說明。

配置文件準備

首先來看一下所需要的文件的格式：

DATASET_HEATMAP

#SEPARATOR TAB
SEPARATOR SPACE
DATASET_LABEL example_heatmap
COLOR #ff0000

#define labels for each individual field column
FIELD_LABELS A1 A2 A3 B1 B2 B3

MARGIN 0
STRIP_WIDTH 25

COLOR_MIN #ff0000
COLOR_MAX #0000ff
USE_MID_COLOR 1
COLOR_MID #ffff00

DATA

155864 1.33118766397716 1.17857919899514 -0.409551070843932 -0.630306286554169 -1.04604589954572 -0.423863606028482
83334 -0.0506076910870376 1.3902493708319 1.06059120726857 -0.886946488704782 -0.820282432690725 -0.693003965617928
217992 0.215479234585023 1.4989464081584 0.688218558910058 -1.21085219033218 -0.764324705926616 -0.427467305394685
562 1.06564649867261 0.961867445609222 0.597829776500456 -0.461509960030431 -1.19966321785905 -0.964170542892806
198215 0.96900544380798 1.21939609883181 0.426791627672821 -0.838548688929931 -0.653211840822719 -1.12343264055996
623 0.727282455309188 1.17101033530621 0.806443403628944 -0.820220618604714 -0.920091135497558 -0.964424440142074
209261 0.34017826857092 1.66855815466279 0.357643216125776 -0.545542360482732 -1.00245964906156 -0.818377629815193
601 0.693183645180168 1.46683923827496 0.279576953582569 -1.04280232644501 -1.03511634861385 -0.36168116197883
602 0.70273801067879 1.37079662629187 0.366781728164418 -0.773552511347515 -1.33593177597361 -0.330832077813954
229193 0.877365674482512 1.19322948550412 0.554384448895058 -0.958849032442236 -1.14266481591487 -0.523465760524581

格式說明：

配置文件中以"#"開頭的行是注釋行，只起說明作用，iTOL不會讀取該行的內容。

DATASET_HEATMAP：配置文件數據類型聲明，這里聲明數據集是對進化樹添加熱圖信息。

SEPARATOR SPACE：指定數據分隔符，即數據列與列之間使用空格分隔。

COLOR #ff00ff：指定數據集初始顏色，可在后面進行更改。

FIELD_LABELS A1 A2 A3 B1 B2 B3：為DATA中的每一列數據定義標簽（指定樣品名稱）。

MARGIN 0：指定熱圖與進化樹之間的距離，可為負數，會導致與進化樹重疊。

STRIP_WIDTH 25：指定熱圖中每一格的寬度。

COLOR_MIN #ff0000：指定熱圖中最小值的顏色。

COLOR_MAX #0000ff：指定熱圖中最大值的顏色。

USE_MID_COLOR 1：指定是否設置中間值顏色，0代表不設置，1代表設置。

COLOR_MID #ffff00：指定熱圖中中間值的顏色。

如果沒有特殊設置，以上部分通常不需要改，直接拷貝使用即可。

DATA 之后的行就是所有的基因在各樣品中的表達量數據，這里我用的數據是基因在樣品中的表達量水平log2（FPKM）進行歸一化轉換（scale number）后的值。數據分為七列，第一列為進化樹枝節點ID（基因ID），第二到第七列為基因在各樣品中的表達量數據，注意數據要與 FIELD_LABELS 所指定樣品名稱的數量及順序保持一致。

注釋文件美化

按照以上格式準備好注釋文件后，直接將其拖到iTOL進化樹展示所在的位置，就能自動在進化樹中添加熱圖了。如果對圖片的效果不滿意，還也可以在Datasets中對熱圖的顏色、寬度及位置進行調整。

以上是“如何使用iTOL在進化樹中添加熱圖”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！希望分享的內容對大家有幫助，更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！