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itol進化樹中怎么添加分組圓環

發布時間:2022-02-23 11:03:30 來源:億速云 閱讀:2771 作者:小新 欄目:開發技術

這篇文章主要介紹itol進化樹中怎么添加分組圓環,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!

注釋文件準備

首先來看一下所需要的注釋文件的格式:

DATASET_COLORSTRIP
#lines starting with a hash are comments and ignored during parsing

SEPARATOR TAB
DATASET_LABEL color_strip2
STRIP_WIDTH 25
MARGIN 0
BORDER_WIDTH 1
BORDER_COLOR #000
SHOW_INTERNAL 0

DATA
160232    #efff22
13773    #efff22
56636    #efff22
111955    #efff22
2287    #efff22
50339    #efff22
2303    #efff22
2234    #efff22
64091    #efff22
2214    #efff22
2209    #117355
2261    #117355

格式說明:

注釋文件中以"#"開頭的行是注釋行,只起說明作用,iTOL不會讀取該行的內容。

DATASET_COLORSTRIP:注釋文件數據類型聲明,這里聲明數據集是為進化樹外層添加彩色圓環。

SEPARATOR TAB:指定數據分隔符,即數據列與列之間使用Tab分隔。也可指定分隔符為空格,需將"TAB"改為"SPACE"。

DATASET_LABEL color_strip2:指定數據集標簽,標簽可任意。

STRIP_WIDTH 25指定圓環的寬度。

MARGIN 0:指定圓環與進化樹之間的距離,可為負數,會導致與進化樹重疊。

BORDER_WIDTH 1:指定圓環邊框的寬度。

BORDER_COLOR #000:指定圓環邊框的顏色。

如果沒有特殊設置,以上部分通常不需要改,直接拷貝使用即可。

DATA 之后的行就是所有的分組數據信息。數據分為兩列,第一列為進化樹葉節點ID,第二列是葉節點關聯的顏色,每種顏色代表一個分組,不同分組的樣品對應相應的顏色。可以用十六進制(#開頭的顏色值),RGB表示法指定顏色。

注釋文件美化

按照以上格式準備好注釋文件,準備好文件后直接將其拖到iTOL進化樹展示所在的位置,就能自動給進化樹外層加上圓環了。之后也可以在Datasets中對圓環位置、寬度以及圓環邊框的粗細、顏色等進行微調。

以上是“itol進化樹中怎么添加分組圓環”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!希望分享的內容對大家有幫助,更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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