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如何用MEGA構建進化樹

發布時間:2021-12-10 11:11:08 來源:億速云 閱讀:3605 作者:柒染 欄目:大數據

如何用MEGA構建進化樹,很多新手對此不是很清楚,為了幫助大家解決這個難題,下面小編將為大家詳細講解,有這方面需求的人可以來學習下,希望你能有所收獲。

年引用量超大的 MEGA軟件,今天小編就先來介紹這個軟件的一個小功能-構建進化樹。建樹之前的兩個工作。  

第一步:下載軟件      
   

雖說版本都更新到X了,但小編還是比較喜歡用MEGA7這個版本,從官網上下載即可。這個版本的界面是醬紫的。

如何用MEGA構建進化樹

第二步:整理FASTA格式的文件        
   

如何用MEGA構建進化樹

序列比對


(1)打開MEGA軟件。點擊Align→Edit/Build Alignment→create a new alignment→OK→DNA/Protein;

如何用MEGA構建進化樹

(2)之后會彈出來這樣的界面,點擊左邊紅框里的按鈕導入文件,全選之后點擊右邊序列對比快捷鍵,進行序列對比;

如何用MEGA構建進化樹

(3)所有的參數默認,進行序列比對;

如何用MEGA構建進化樹

(4)保存比對結果,保存為mas文件。

構建進化樹



 

(1)點擊Phylogeny按鈕,一般常見的樹有兩種:Maximum Likehood Tree和Neighbor-Joining Tree,這里我們選擇后者舉例。導入比對好的序列會出現下圖左邊的兩個圖標。敲黑板下一步一定要設置的參數,選擇Bootstrap,并設置為1000;

如何用MEGA構建進化樹

(2)運行,這個過程需要等待;

如何用MEGA構建進化樹

(3)大功告成,點擊下面紅框里面的按鈕可以進行調整。

如何用MEGA構建進化樹

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