phyml是怎樣基于最大似然法構建進化樹的

phyml是怎樣基于最大似然法構建進化樹的，相信很多沒有經驗的人對此束手無策，為此本文總結了問題出現的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。

phyml 是基于最大似然法原理構建系統發生樹的軟件

官網提供了在線服務，截圖如下

共分成了四大部分

1. Input Data

輸入文件為多序列比對的結果，支持以下兩種格式

1. phylip interleaved

2. phylip sequential

   
   

這兩種格式的文件都可以有 muscle 產生， 代碼如下
phylip interleaved

muscle -phys   -in input.fa -out output.phys

phylip sequential

muscle -phyi   -in input.fa -out output.phyi

需要注意的是，muscle默認輸出的phylip格式不能滿足phyml的要求，需要進行調整，把序列合并成一行就可以了。其他的多序列比對軟件，mafft 只支持輸出fasta和clustalw格式的多序列比對結果，clustal 可以產生phylip 格式的文件。

目前存在的問題是，缺少多序列比對格式轉換的腳本。如果想要全面支持mafft, clustal, muscle的結果，需要自己編寫腳本修改結果文件的格式。

2. Subsitution Model

正是由于堿基或者氨基酸的替換，才導致了不同物種的演化，保證了物種的多樣性。在構建進化樹時，需要選擇合適的替換模型，保證進化樹的準確性。 采用默認值即可。

3. Tree Searching

采用迭代的方式，不斷優化樹的結構。 采用默認值即可。

4. Branch Support

進化樹中的分支長度代表了不同物種的進化距離，這部分采用不同算法評估進化樹中每個分支長度的可靠性。通常情況下，會選擇bootstrap。

也可以下載到本地運行，安裝過程如下

wget http://www.atgc-montpellier.fr/download/binaries/phyml/PhyML-3.1.zip
unzip PhyML-3.1.zip

采用的是命令行交互式運行的方式，在命令行輸入對應的程序名稱，后續步驟和在線服務類似，也是分成了4個步驟。每個步驟之間通過+鍵進行確認，最后通過Y鍵運行。

默認生成的tree 文件是 Newick格式， 可以導入 figTree 或者 TreeViewer等軟件中進行查看。

看完上述內容，你們掌握phyml是怎樣基于最大似然法構建進化樹的的方法了嗎？如果還想學到更多技能或想了解更多相關內容，歡迎關注億速云行業資訊頻道，感謝各位的閱讀！