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這期內容當中小編將會給大家帶來有關如何使用R語言利用SSR數據構建進化樹，文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。
今天有一位讀者留言問有了SSR的數據，如何畫樹狀圖？
SSR的數據我也是第一次接觸，我看了一下他發給我的數據，是csv格式，每行是一個樣本，每列是一個位點。位點的取值是0，和1。這種格式好像叫做二進制的格式。就是下面這種
第一列是樣本名稱，后面每一列是一個位點。
我搜索了一下相關教程，找到了一個。需要借助ape這個包，如果是第一次使用的話需要先安裝
install.packages("ape")
后面進化樹可視化還需要用到ggtree，如果是第一次使用也要安裝
BiocManager::install("ggtree")
BiocManager第一次使用也得先安裝
install.packages("BiocManager")
找到的教程的鏈接是 https://www.biostars.org/p/100432/
df<-read.csv("SSR_example.csv",header=T,row.names = 1)
ssr<-as.matrix(df)
library(ape)
tree<-nj(dist.gene(ssr))
library(ggtree)
ggtree(tree)+
geom_tiplab()+
xlim(0,6.5)
ggtree(tree,layout="circular")+
geom_tiplab2(size=3)
ggtree(tree,layout="circular",branch.length = "none")+
geom_tiplab2(size=3)
這位讀者的數據過多，最后畫樹狀圖如果帶上樣本名字的效果如下
這個圖應該如何美化我還真沒有思路。大家如果做過這種圖歡迎留言討論 如何美化會好看一點
我記得好像MEGA也可以利用這種二進制數據構建進化樹了，但是一時想不起來如何做了。
上述就是小編為大家分享的如何使用R語言利用SSR數據構建進化樹了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道。
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