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本篇文章給大家分享的是有關怎么理解ArrayExpress數據庫，小編覺得挺實用的，因此分享給大家學習，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲，話不多說，跟著小編一起來看看吧。
和GEO數據庫類似，ArrayExpress是屬于EBI旗下的公共數據庫，用于存放芯片和高通量測序的相關數據。
數據來源于下圖所示的兩個部分
第一部分是由科研工作者提交的數據，第二部分是從GEO數據庫自動導入的數據，在該數據庫中，數據以實驗experiments為單位，每個實驗對應一個唯一的編號，如下圖所示
第一列的Accession代表每個實驗設計對應的編號，Assays表示該實驗對應的樣本總數，Raw代表原始數據。當前版本數據量如下
通過該數據庫，我們可以
檢索數據，根據關鍵字，編號等查找感興趣的數據集
下載數據，基于公共數據進行分析挖掘
提交數據，上傳自己的數據到該數據庫中
點擊每個實驗編號，可以顯示詳細信息，示意如下
紅框標記的部分是通常會關注的3個部分，第一部分展示該實驗包含的樣本的詳細信息，點擊之后可以查看樣本相關的metadata, 示意如下
第二部分用于下載數據，第三部分用于將該結果導入到其他軟件，比如GenomeSpace中進行分析和查看。
除了下載和分析公共數據集，也可以上傳自己的數據到該數據庫。除了宏基因組/宏轉錄組， 轉錄組組裝的相關結果數據，其他絕大部分數據都是可以上傳到該數據庫的，比如SNP分型，基因表達譜，chip_seq, atac_seq, 甲基化測序等結果都可以。
該數據庫還配套了對應的API和R包，可以批量化，流程化地檢索和下載數據，在沒有數據的情況下，也可以基于ArrayExpress的公共數據進行深入挖掘。
以上就是怎么理解ArrayExpress數據庫，小編相信有部分知識點可能是我們日常工作會見到或用到的。希望你能通過這篇文章學到更多知識。更多詳情敬請關注億速云行業資訊頻道。
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