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這篇文章將為大家詳細講解有關HEDD數據庫怎么用，小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后可以有所收獲。
增強子作為一種重要的基因組順式作用元件，在轉錄調控中發揮重要作用，參與很多的生物學過程，當然也包括了疾病的發生與發展。
HEDD是一個人類增強子和疾病相關的數據庫，收集整理ENCODE, FANTOM, RoadMap項目中鑒定到的增強子，并通過增強子與靶基因的調控關系，靶基因與疾病的關聯，建立起增強子與疾病之間的關系。
該數據庫的網址如下
http://zdzlab.einstein.yu.edu/1/hedd.php
目前共收錄了2,793,316個增強子，包括RoadMap項目中采用ChromHMM軟件預測到的2,328,833個增強子，FANTOM5項目中采用CAGE測序分析預測到的65,359個增強子和ENCODE項目中同時采用Segway和ChromHMM兩款軟件共同預測得到的399,124個增強子，示意如下
對于增強子基因組區域內包含的各種元件進行注釋，提供了以下5種基本注釋信息
DHS
DNase酶超敏位點注釋
TFBS
轉錄因子結合位點注釋
Histone modification
組蛋白修飾注釋
Repeats
重復元件的注釋
Conservation
物種間保守性的注釋
利用增強子的靶基因，從以下兩個角度來構建增強子與疾病之間的關聯
從MalaCards,DISEASES,DisGeNET疾病數據庫中獲取基因與疾病之間的關聯信息
從GWAS Catalog,GWASdb,CADD數據庫中獲取SNP位點與疾病之間的關聯信息
以靶基因和位于靶基因內的SNP位點為橋梁，構建出增強子和疾病之間關聯網絡。
通過Search菜單，可以通過基因組區域，疾病名稱，靶基因信息進行檢索，檢索框示意如下
檢索結果示意如下
點擊第一列的增強子ID可以查看和下載詳細信息
該數據庫中的信息是可以免費下載的，不同于其他的增強子數據庫，HEDD不僅提供了增強子的基因組區域等基本注釋信息，更進一步通過靶基因建立起增強子與疾病之間的調控網絡，對開展疾病中的增強子研究具有很大的參考意義。
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