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這篇文章主要介紹LeafcircBase數據庫怎么用,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!
LeafcircBase收錄了以下5種植物模式生物的環狀RNA信息
Arabidopsis thaliana
Glycine max
Oryza sativa
Triticum aestivum
Zea mays
采用以下兩款軟件來預測環狀RNA
find_circ
circRNA_finder
通過官網的Browse
菜單,可以瀏覽不同物種對應的環狀RNA數據
以擬南芥為例,結果示意如下
點擊來源基因的名稱,可以跳轉到對應的數據庫。點擊右上角的Download按鈕,可以下載所有結果,點擊Datails
可以查看環狀RNA的詳細信息,示意如下
可以看到對應的軟件。如果在其他物種中存在同源,還會列出同源環狀RNA的信息,示意如下
通過該數據庫,不僅可以查看植物中環狀RNA的信息,還可以查看在不同物種間的同源性。
該數據庫中的結果是可以下載的,在下載的excel文件中,還可以看到每個環狀RNA對應的樣本在SRA數據庫中的編號。
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