Oncomine數據庫是什么

本篇內容介紹了“Oncomine數據庫是什么”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！

Oncomine數據庫介紹

Oncomine是大型腫瘤基因芯片數據庫，涵蓋65個基因芯片數據集、4700個芯片及4億8千萬個基因表達數據，可用于分析基因表達差異、尋找離群值、預測共表達基因等，并可根據腫瘤分期、分級、組織類型等臨床信息進行分類，還可依據已知的基因—藥物分析尋找可能的分子標記物與治療靶點。

Oncomine數據庫應用方向

如果你獲得了一個腫瘤差異表達基因，想研究其是否可作為某種腫瘤的潛在標志物和靶點，又怕做實驗會得到陰性結果，浪費時間和金錢，這時候你就應該想到Oncomine數據庫了。

Oncomine也是腫瘤領域中一個經典的樣本數據庫，能幫助我們篩選一些值得研究的靶分子，或預測表型。為什么說“也”呢？因為它和咱們之前討論過的TCGA一樣，都是腫瘤領域應用較廣的數據庫。

不過Oncomine和TCGA相比的優勢就是，它除了數據，還提供了一些簡潔易操作的分析工具，如差異表達分析、共表達分析等，分析后可以直接出圖用在文章里。另外它還整合了TCGA和GEO的部分數據。缺點是，免費版的數據不能下載，收費又天價。不過辦法還是有的，可以從網頁中通過寫腳本批量獲得。

TCGA的優點就是維度較高，層次很豐富，缺點就是不提供分析工具，得另找或另學。這里就不說這么多了，大家可以根據自己的情況選用。今天我們單講Oncomine。

Oncomine的應用場景

要說應用，倒和TCGA差不多，主要兩方面。

一方面是在沒有前期工作基礎的時候，從數據庫中挖掘篩選出候選分子作為今后的研究方向。翻譯：用來博士開題，或者忽悠一個基金。

另一方面，是在自己做過高通量篩選拿到靶分子的情況下，利用數據庫來分析它們在腫瘤中的表達情況，跟臨床生存、預后的相關性，為自己的研究提供更多的論據；同時也是為將來的機制研究多做點評估，如果你的實驗中有差異的分子在別人的實驗中也有差異，相對來說風險就小一些。

從技術上說，Oncomine的主要功能有基因表達差異分析、基因表達與臨床相關性、多基因共表達分析等。

數據挖掘套路：

第一步，查看目標基因在哪些腫瘤中存在高表達

第二步，證明目標基因在某一腫瘤中是高表達的。
第三步，尋找共表達的基因。

第四步，確定目標基因在細胞系中是否高表達

第五歩，基因表達與生存的相關性

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