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今天就跟大家聊聊有關peak注釋的在線工具annoPeakR怎么理解，可能很多人都不太了解，為了讓大家更加了解，小編給大家總結了以下內容，希望大家根據這篇文章可以有所收獲。
annoPeakR是一個peak注釋工具，基于R語言中的shiny包開發出的web應用，
集成了人和小鼠多個版本的參考基因組信息，只需要上傳bed格式的peak文件就可以進行分析了，支持一次上傳多個，示意如下
官網也提供了測試數據，點擊Load sample Data可以看到。對于Peak文件而言只需要四列，分別代表染色體，起始，終止位置和peak的名稱，示意如下
對于每個peak文件，提供了以下兩種注釋信息
peak關聯基因的分析是通過ChIPpeakAnno這個R包來實現，注釋結果提供了csv的格式供下載，內容示意如下
不僅給出了對應的基因注釋，還根據peak與基因的距離定義了downstream等類別，其中promoter和enhancer這兩種類別的距離可以自定義
對于不同類別peak的分布，還提供了柱狀圖，示意如下
繪制peak與對應基因距離的頻率分布曲線，示意如下
同時還可以多個peak進行分析，包含以下兩種結果
peak區間的交集分析，提供了交集peak的數量統計，結果示意如下
peak關聯基因的venn分析以及功能富集分析，示意如下
在線工具操作簡單，尤其對于不熟悉R語言的人而言。這個在線工具不僅提供了和CHIPpeakAnno相同的注釋結果，而且還有更多功能，是一個不錯的選擇。
看完上述內容，你們對peak注釋的在線工具annoPeakR怎么理解有進一步的了解嗎？如果還想了解更多知識或者相關內容，請關注億速云行業資訊頻道，感謝大家的支持。
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