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這期內容當中小編將會給大家帶來有關環狀RNA注釋工具circAnno怎么理解，文章內容豐富且以專業的角度為大家分析和敘述，閱讀完這篇文章希望大家可以有所收獲。
在利用RNA_seq數據預測環狀RNA時，大多數情況下只能夠得到環狀RNA的基因組位置，包括頭尾的染色體位置，正負鏈等信息，而沒有環狀RNA對應的來源基因，序列等信息，這些信息都需要我們通過和已有的線性RNA的數據比對得到，這一步在分析中稱之為環狀RNA的注釋。
對于環狀RNA注釋，不同團隊有不同的做法，核心就是利用環狀RNA的基因組位置和已知的轉錄本去比較，確定是否和已知轉錄本有重疊，從而確定來源基因和對應的轉錄本。
在starBase數據庫中，提供了一系列環狀RNA注釋工具
其中circSeeker和circAnno就是用來進行環狀RNA注釋的工具
circAnno需要兩個輸入文件，一個為環狀RNA對應的bed格式的文件，另外一個為線性RNA對應的bed12格式的文件，以circBase數據庫中的環狀RNA為例來看下這個軟件的具體用法。
wget http://www.circbase.org/download/hsa_hg19_circRNA.bed cut -f1-6 hsa_hg19_circRNA.bed > circRNA.bed6
利用table browser進行下載，圖示如下
circAnno hg19.bed12.txt circRNA.bed6 > annotation.xls
輸出結果內容如下
前六列的內容就是環狀RNA的bed文件內容，只不過在第四列的基礎上增加了轉錄本注釋信息，match表示和轉錄本的exon完全匹配，overlap表示重疊，intergenic代表是基因間區。最后三列分別代表重疊區域的外顯子個數，外顯子長度和外顯子的起始位置，和bed12文件中的內容一致。
上述就是小編為大家分享的環狀RNA注釋工具circAnno怎么理解了，如果剛好有類似的疑惑，不妨參照上述分析進行理解。如果想知道更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道。
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