環狀RNA數據庫circBase怎么理解

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circBase是一個環狀RNA的數據庫,收錄了人類,小鼠等多個物種的環狀RNA信息，采用了find_circ軟件來預測去核糖體文庫中的環狀RNA,該數據庫的 網址如下

http://www.circbase.org/

在該數據庫中,環狀RNA的ID以物種的三字母縮寫開頭，比如hsa_circ_0018046,記錄了circRNA的頭尾在染色體上的為位置，來源基因，序列等信息。通過以下3種方式可以檢索該數據庫

1. 直接檢索

在主頁的檢索框中，可以根據環狀RNA的ID, 來源基因的名稱，轉錄本名稱等多種方式進行檢索

檢索結果示意如下

軟件通過檢測覆蓋連接點兩側的reads來識別環狀RNA,對于一個環狀RNA,只能夠給出其頭尾在染色體上的位置和正負鏈信息, 檢索結果中的genomic length對應的就是基因組上環狀RNA頭尾之間的長度。

同時還提供了環狀RNA對應的染色體區域上的重復元件和基因組特征的注釋。

對于環狀RNA的序列信息，根據頭尾的染色體位置去和已知的轉錄本進行比較，選擇一個最佳的轉錄本，即best transciprt作為參照，然后確定剪切之后環狀RNA的序列，從而得到spliced length。 需要注意的是，這種方式得到的序列只是一個生信預測的結果，后續還是需要實驗手段來驗證的。

檢索結果支持導出xlsx, txt, csv等多種格式，也可以導出環狀RNA的序列,示意如下

支持導出基因組序列和剪切之后的序列，還可以向上下游延伸。

2. 列表檢索

通過導航欄的list search, 可以依次檢索多條記錄，示意如下

選擇對應的物種，然后輸入多個需要檢索的ID即可。

3. table browser

和UCSC的table  browser類似，提供了更加靈活的篩選策略，檢索框示意如下

通過blat按鈕,可以輸入fasta格式的查詢序列，然后和數據庫中的circRNA序列進行比較，示意如下

查詢結果如下所示

該數據庫是免費下載的，可以下載物種對應的環狀RNA的列表，也可以下載對應的序列，同時還提供了find_circ軟件的源代碼，可以用于分析自己的測序數據中的circRNA。

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