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小編給大家分享一下轉錄因子的靶基因數據庫是什么，希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲，下面讓我們一起去探討吧！
對于轉錄因子而言，我們最想知道的信息就是其對應的靶基因。轉錄因子相關數據庫非常的多，有些數據庫直接提供了靶基因的信息，比如TRANSFAC, 有些數據庫只提供了motif的信息，比如JASPAR, 我們只能通過軟件預測在基因的啟動子序列上是否有對應的motif, 從而識別轉錄因子的靶基因。
TRANSFAC收費，而JASPAR的靶基因預測又需要一定的生信技能，有沒有哪個數據庫既免費，又直接提供了靶基因數據呢？
這種數據庫肯定是存在的，比如之前介紹過的TRRUST等數據庫，但是本文的主角是另外一個數據庫，Harmonizonme。
將各個Resource來源數據庫中的原始信息加以整理，得到更加直觀，方便使用的數據集Datasets，然后將所有的整理好的信息存儲在同一個數據庫中，就得到了Harmonizonme數據庫，網址如下
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/
目前該數據庫包含來自66個Resources數據庫，114個數據集datasets, 共有57620個基因，295496個屬性，71927784個相互作用關系。分類情況如下
可以看到有非常多種類型的信息，本文只介紹轉錄因子的靶基因數據集，在官網首頁，根據關鍵詞檢索相關的數據集，示意如下
最終可以檢索到以下6個轉錄因子靶基因數據集
以TRANSFAC Curated Transcription Factor Targets數據集為例，鏈接如下
http://amp.pharm.mssm.edu/Harmonizome/dataset/TRANSFAC+Curated+Transcription+Factor+Targets
該數據集是手工收集整理的轉錄因子靶基因數據集，示意如下
共包括201個轉錄因子的靶基因信息，點擊每個轉錄因子，可以看到相關的靶基因，示意如下
除了在線瀏覽特定轉錄因子的靶基因外，還可以方便的下載該數據集，點擊下圖中紅色方框標識的文件進行下載即可
該文件列數很多，前幾列示意如下
| source | source_desc | source_id | target | target_desc | target_id |
|---|---|---|---|---|---|
| SLC16A9 | na | 220963 | ALX1 | na | 8092 |
| SLC26A3 | na | 1811 | ALX1 | na | 8092 |
| ABHD17B | na | 51104 | ALX1 | na | 8092 |
這里的id指的是基因對應的Entrez Id, source值的是靶基因，`target值的是轉錄因子，通過該數據庫可以方便的得到轉錄因子和靶基因之間的調控關系。
看完了這篇文章，相信你對“轉錄因子的靶基因數據庫是什么”有了一定的了解，如果想了解更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道，感謝各位的閱讀！
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