Abyss怎么安裝使用

這篇文章主要講解了“Abyss怎么安裝使用”，文中的講解內容簡單清晰，易于學習與理解，下面請大家跟著小編的思路慢慢深入，一起來研究和學習“Abyss怎么安裝使用”吧！

主流的NGS基因組組裝軟件都是先將序列劃分成kmer, 然后基于de Bruijn Graph圖論算法，得到組裝好的序列。程序運行時，kmer字符串時存儲在內存中，所以要求計算機的內存要足夠大。

Abyss 基于布隆過濾器，不直接儲存字符串，減少了內存的消耗。

安裝過程如下

wget https://github.com/bcgsc/abyss/releases/download/2.1.0/abyss-2.1.0.tar.gz
tar xzvf abyss-2.1.0.tar.gz
cd abyss-2.1.0/
./configure --prefix=$(pwd) --without-sparsehash
make

編譯成功后，會生成許多的可執行文件，這些文件分散在不同的目錄下，想要成功運行該軟件，需要將這些可執行文件都添加到PATH環境變量中，寫法如下

export ABYSS_HOME=/soft/abyss-2.1.0
export PATH=$ABYSS_HOME/ABYSS:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/AdjList:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Align:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/bin:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Bloom:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/BloomDBG:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Consensus:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/DAssembler:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/DataBase:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/dialign:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/DistanceEst:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/FilterGraph/:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/FMIndex/:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/GapFiller:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Graph:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/KAligner:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/kmerprint:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Konnector:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Layoutp:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/LogKmerCountr:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Map:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/MergePaths:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Overlap:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/PairedDBG:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/ParseAligns:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/PathOverlap:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/PopBubbles:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Scaffold:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/Sealer:$PATH
export PATH=$ABYSS_HOME/SimpleGraph:$PATH

只需要調整ABYSS_HOME，將其設置為軟件所在的實際目錄即可，可以在~/.bahsrc文件中設置以上環境變量，然后運行下列代碼

source ~.bahsrc

這樣環境變量就會生效，至此，軟件才算安裝成功。官網還提供了測試數據集，下載測試數據集的方法如下

wget http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss/releases/1.3.4/test-data.tar.gz
tar xzvf test-data.tar.gz
tree -L 1 test-data
├── reads1.fastq
└── reads2.fastq

測試數據集是一個雙端測序的結果文件，用Abyss進行組裝的命令如下

abyss-pe k=25 name=test in='test-data/reads1.fastq test-data/reads2.fastq'

name參數是生成文件的前綴，運行結束后，會生成很多文件，以下兩個文件是我們最關注的

1. test-contigs.fa

2. test-scaffolds.fa

   
   

分別對應contig和scaffold的結果。

對于Abyss而言，只能通過for 循環，實現多個kmer 梯度組裝，用法如下

for k in `seq 50 8 90`; do
    mkdir k$k
    abyss-pe -C k$k name=test k=$k in=reads.fa
done

感謝各位的閱讀，以上就是“Abyss怎么安裝使用”的內容了，經過本文的學習后，相信大家對Abyss怎么安裝使用這一問題有了更深刻的體會，具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云，小編將為大家推送更多相關知識點的文章，歡迎關注！