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小編給大家分享一下PathVisio工具有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
PathVisio 是一款免費開源的pathway 可視化工具，通過這個軟件我們不僅可以創建并編輯通路圖，甚至還可以進行富集分析。
軟件的官網如下
https://www.pathvisio.org/
這款軟件是java語言開發i的GUI 圖形界面工具，官網提供了兩種下載方式：
選擇 Binary Installation 進行下載，由于該軟件用java 程序開發，必須保證在電腦上安裝了java 運行環境 （JRE）， 下載之后解壓縮，然后雙擊 pathvisio.bat 文件 就可以啟動該軟件。
初始界面如下：
我們從wikipathway 下載的gpml 通路文件，可以直接導入這個軟件中。以 WP554 這個通路為例
https://www.wikipathways.org/index.php/Pathway:WP554
從上面的鏈接下載該通路的gpml 文件，然后依次點擊 File -> Import , 導入該文件，導入成功后，就可以看到通路圖了。圖中的每個元素，都是可以編輯的。
對于元素之間的連線，鼠標單擊可以拖動；對于方框中的元素，單擊選中之后，可以改變其大小，并移動其位置，雙擊會彈出編輯框，編輯節點上標注的label 信息。
不僅可以編輯原有的元素，還可以通過如下所示的工具欄中的選項，插入新的元素，具體的用法就不展開了。
對于編輯好的通路圖，可以選擇 File -> Export 進行導出，可以導出為圖片，支持PDF， PNG，SVG， TIFF 4 種格式，也可以另存為gpml 等文件格式。
在右側的面板上，有個Search 功能，可以查詢基因對應的通路信息
首先需要一個用于檢索的數據庫，就是一個文件夾，這個文件夾下是所有pathway的gpml文件，可以從wikipathway 的官網得到。然后輸入需要檢索的基因名稱，提供了Symbol 和 ID 兩種格式。通過 Search 功能，可以方便的查詢基因相關的通路信息。
這個軟件還可以安裝插件，使其功能更加強大。
以上是“PathVisio工具有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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