如何分析KEGG Disease 數據庫

如何分析KEGG Disease 數據庫，相信很多沒有經驗的人對此束手無策，為此本文總結了問題出現的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。

kegg disease 數據庫收錄了已經報告的各種疾病的信息，每個記錄用H Number 唯一標識， 比如H00004。

在kegg 中，將疾病視作分子網絡的一個不正常的狀態。所有的遺傳因素，環境因子，藥物等因素都被視作潛在的影響因素，所以在disease 數據庫中，還收錄了每種疾病相關的影響因素，以及它們之間的相互關系。對于這些影響因素的之間的相互關系，采用pathway 通路來進行展示。比如 H00004 對應的pathway 為 hsa05220。

在通路中，我們可以看到有些紅色標記的方框，這些其實就是和該疾病相關的基因。對于那些在disease 數據庫中已有記錄的疾病而言，我們可以查找到該疾病相關的致病基因。

和kegg orthology 等數據庫類似，disease 數據庫當然也有對應的分類信息。但是分類標準比較多，既有kegg 自己的標準，也有國際標準 ICD-10；

因為人類疾病的研究和我們日常生活最為密切相關，所以單獨對human disease 進行了詳細的分類，見以下文件

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08402.keg

所有物種（包括human）的疾病信息的分類對應以下兩個文件：

第一個文件為kegg 自己定義的分類標準,  主要依據物種分類信息

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08401_genome.keg

第二個文件為國際上對疾病的分類標準 ICD-10 分類系統

http://www.kegg.jp/kegg-bin/get_htext?br08403.keg

所以對于disease 數據庫中的記錄而言，最多會有3種分類體系的注釋。

對于human 相關疾病而言，專門在pathway 數據庫中開辟了一個新的分類， Human Disease， 用于展示人類疾病相關各種因素之間的相互作用信息；
kegg 還專門針對疾病的致病基因，藥物的靶標基因在通路圖上進行了標記，這些特異性的通路圖采用 hsadd 編號，比如 hsadd04620。

在這些通路圖中，當一個基因和該疾病相關（可能的致病基因）時，用粉色標記；當一個基因為藥物的靶點時，用淡藍色標記，如果同時為致病基因和藥物靶點，則一半為淡藍色，一半為粉色。

注意綠色和疾病沒有關系，綠色是物種的通路圖中，將該物種的KO 進行了綠色的高亮顯示。

1. disease 數據庫收錄了各種物種相關的疾病信息，最主要的是人類相關的疾病。對于疾病的分類，既有kegg 自己根據物種信息提供的分類標準，也有國際通用的ICD-10 標準；對于human  disease, 更是單獨提供了更加詳細的分類；

2. 對于人類相關疾病，專門提供了pathway 通路圖，描繪疾病相關因素之間的相互作用關系；同時還針對疾病致病基因和藥物靶標基因，在通路圖上進行了標注，這些通路圖的編號以hsadd開頭。

看完上述內容，你們掌握如何分析KEGG Disease 數據庫的方法了嗎？如果還想學到更多技能或想了解更多相關內容，歡迎關注億速云行業資訊頻道，感謝各位的閱讀！