如何分析KEGG Enzyme 數據庫

發布時間：2021-12-23 17:59:56 來源：億速云閱讀：267 作者：柒染欄目：大數據

這篇文章將為大家詳細講解有關如何分析KEGG Enzyme 數據庫，文章內容質量較高，因此小編分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后對相關知識有一定的了解。

生物體內的大多數反應都需要酶的參與，酶在生命活動中發揮了重要作用。IUBMB/UPAC 國際標準化命名委員會對已經發現的酶都提供了標準化的的命名方式，叫做EC number。

KEGG ENZYME 整合了ExplorEnz 數據庫中酶的信息，處理基本的Ec number 和name 等屬性外，還提供了對應的序列信息。

來看下每條記錄的信息

如何分析KEGG Enzyme 數據庫

Entry	酶編號，EC number
Name	酶的名稱
Class	所屬的分類
Sysname	其他名稱
Reaction	酶催化的反應
Substrate	底物
Product	產物
Comment	注釋
History	修訂記錄
Pathway	參與的通路
Orthology	對應的KO 信息
Genes	在各種物種中對應的基因
Reference	參考文獻
Other DBs	其他數據庫的鏈接

酶催化生物反應的進行，所以會與 pathway, raction，compound 數據庫產生聯系。在Enzyme 與其他數據庫的聯系中，我們需要重點理解與KO的對應關系。

在1995 年，KEGG 數據庫剛開始創建的時候，EC number 主要用來繪制代謝通路圖；直到1999 年，提出了Orthology ID的概念，用來取代EC number, 繪制通路圖；到2002年，Orthology ID 變成了KO, EC number 就作為KO的屬性出現了。那么EC number和 KO之間存在怎樣的對應關系呢？

酶是基因的產物，而基因有對應的KO注釋。通過基因，以基因為橋梁，可以更好的理解酶和KO之間的對應關系。

雖然有實驗證據表明這種酶的存在，但是缺乏對應的基因信息，也就沒有對應的KO 注釋，比如1.1.1.46, 就沒有對應的KO信息;
這種酶在多個物種中都存在，也就有對應的多個基因，這些基因分屬不同的KO(當然這些KO的功能描述還是很接近的)，此時會出現1個EC Number 對應多個KO的情況，比如1.1.1.376
這種酶對應的多個基因屬于同一個KO, 比如 1.1.1.388
多個酶對應同一個KO, 多個酶對應的基因被歸類到了同一個KO下，比如1.1.1.49 和 1.1.1.363。