perl對應的gff文件格式是什么

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對應的gff文件是下面的格式：

1     araport11   gene    3631    5899    .   +   .   ID=gene:AT1G01010;Name=NAC001;biotype=protein_coding
1    araport11   mRNA    3631    5899    .   +   .   ID=transcript:AT1G01010.1;Parent=gene:AT1G01010
1    araport11   five_prime_UTR  3631    3759    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.1
1    araport11   exon    3631    3913    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon1;constitutive=1
1    araport11   CDS 3760    3913    .   +   0   ID=CDS:AT1G01010.1;Parent=transcript:AT1G01010.1;protein_id=AT1G01010.1
1    araport11   exon    3996    4276    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon2;constitutive=1
1    araport11   CDS 3996    4276    .   +   2   ID=CDS:AT1G01010.1;Parent=transcript:AT1G01010.1;protein_id=AT1G01010.1
1    araport11   exon    4486    4605    .   +   .   Parent=transcript:AT1G01010.1;Name=AT1G01010.1.exon3;constitutive=1
1    araport11   gene    6788    9130    .   -   .   ID=gene:AT1G01020;Name=ARV1;biotype=protein_coding
1    araport11   mRNA    6788    8737    .   -   .   ID=transcript:AT1G01020.6;Parent=gene:AT1G01020;biotype=protein_coding
1    araport11   exon    6788    7069    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.2.exon8;constitutive=0
1    araport11   three_prime_UTR 6788    7069    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6
1    araport11   three_prime_UTR 7157    7314    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6
1    araport11   exon    7157    7450    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.2.exon7;constitutive=0
1    araport11   CDS 7315    7450    .   -   1   ID=CDS:AT1G01020.6;Parent=transcript:AT1G01020.6;protein_id=AT1G01020.6
1    araport11   exon    7564    7649    .   -   .   Parent=transcript:AT1G01020.6;Name=AT1G01020.1.exon6;constitutive=1

腳本在遇到gff文件第三列為gene時，匹配gene_id，但是不同的平臺和軟件gene_id對應的前綴也不一樣，如上圖所示前綴是ID=gene:，所以腳本匹配時是：

            $a[8]=~ m/ID=gene:([^;]*);/;

如果你的gff文件第八列gene_id對應的前綴也不一樣，例如如下所示：

1    araport11   gene    11649   13714   .   -   .   ID=AT1G01030;Name=NGA3;biotype=protein_coding

你就需要修改一下腳本，將匹配內容改為如下所示：

$a[8]=~ m/ID=([^;]*);/;

這樣腳本才能正確匹配，提取信息。

讀到這里，這篇“perl對應的gff文件格式是什么”文章已經介紹完畢，想要掌握這篇文章的知識點還需要大家自己動手實踐使用過才能領會，如果想了解更多相關內容的文章，歡迎關注億速云行業資訊頻道。