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本篇內容主要講解“java gb格式注釋文件怎么轉換成gff3注釋文件格式”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“java gb格式注釋文件怎么轉換成gff3注釋文件格式”吧!
使用conda安裝EMBOSS
conda install embossseqret命令轉化
seqret -feature -osformat2 gff3 -outseq chr01.gff chr01.gb這是一個java程序 我沒有安裝成功
最開始服務器上沒有安裝java，運行java命令的時候提示我
Command 'java' not found, but can be installed with:
apt install default-jre
apt install openjdk-11-jre-headless
apt install openjdk-8-jre-headless 不知道這三個有什么區別，然后使用命令apt install openjdk-8-jre-headless安裝了第三個
需要安裝biopython和bcbio-gff 直接使用pip安裝
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple biopython
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple bcbio-gf腳本內容
import sys
from Bio import SeqIO
from BCBio import GFF
in_file = sys.argv[1]
out_file = sys.argv[2]
in_handle = open(in_file)
out_handle = open(out_file,'w')
GFF.write(SeqIO.parse(in_handle,'gb'),out_handle)
in_handle.close()
out_handle.close()使用方式
python convert_gb_to_gff3.py input.gb output.gff到此，相信大家對“java gb格式注釋文件怎么轉換成gff3注釋文件格式”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網站，更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢，關注我們，繼續學習！
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