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TCGAbiolinks錯誤Error in value[[3L]](cond)怎么解決

發布時間:2022-03-19 09:11:03 來源:億速云 閱讀:2188 作者:iii 欄目:開發技術

本篇內容介紹了“TCGAbiolinks錯誤Error in value[[3L]](cond)怎么解決”的有關知識,在實際案例的操作過程中,不少人都會遇到這樣的困境,接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧!希望大家仔細閱讀,能夠學有所成!

在采用TCGAbiolinks 下載TCGA數據時,有時候會出現“Error in value[[3L]](cond) :    GDC server down, try to use this package later”的錯誤。

這個錯誤一般不會出現,除非GDC的網站有問題,檢測方法有兩種:

1.  在R中運行如下命令:

> GenomicDataCommons::status()

Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) : 
  SSL certificate problem: Invalid certificate chain

從返回的信息看,是由于GDC網站的證書有問題。

2. 直接訪問GDC的API站點,查看狀態信息

遇到這樣的問題,只能采用GDC的頁面和數據下載工具 進行數據下載。

解決方案:

安裝最新版本的TCGAbiolinks 即可:

# 先安裝devtools包
install.packages("devtools")
devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

“TCGAbiolinks錯誤Error in value[[3L]](cond)怎么解決”的內容就介紹到這里了,感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站,小編將為大家輸出更多高質量的實用文章!

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