基于perl怎么提取基因家族內的串聯重復基因對

本篇內容介紹了“基于perl怎么提取基因家族內的串聯重復基因對”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！

基于MCScanX串聯重復分析結果中的tandem文件，提取屬于特定基因家族內的串聯重復基因對。

腳本文件名  

get_tandem_gene.pl ，運行命令為：

perl get_tandem_gene.pl  -id hqs.id  -tandem ganlan.tandem  -name hqs -od ./

命令解釋：

get_tandem_gene.pl腳本文件名，最后寫明全路徑

-id  輸入基因家族基因id，文件格式如下：

Bol014029
Bol014986
Bol021982
Bol023208
Bol005493
Bol008082
Bol021317
Bol021325
Bol033054
Bol033162

-tandem  輸入MCScan的串聯重復結果文件tandem( , 分隔），文件格式如下：

Bol004372,Bol004373
Bol004375,Bol004376
Bol004405,Bol004406
Bol004463,Bol004462
Bol004492,Bol004491
Bol004611,Bol004612
Bol004624,Bol004625
Bol004632,Bol004633
Bol004672,Bol004673
Bol004680,Bol004681

-name 輸出文件名前綴

-od 輸出路徑

輸出文件格式如下（\t 分隔）：

Bol026623       Bol026622
Bol038386       Bol038387
Bol044343       Bol044344

全部perl 腳本內容如下：

use Data::Dumper;
use Getopt::Long;
use strict;
use Cwd qw(abs_path getcwd);


my %opts;

GetOptions (\%opts,"id=s","tandem=s","od=s","name=s"); 

my $od=$opts{od};
$od||=getcwd;
$od=abs_path($od);
unless(-d $od){    mkdir $od;}

my $gene;
my @info;
my %hashG;
open (IN,"$opts{id}") || die "open $opts{id} failed\n";
while(<IN>){
    chomp;
    @info=split(/\s+/,$_);
    $gene=$info[0];
    $hashG{$gene}=$gene;
}
close(IN);


my $Agene;
my $Bgene;
open(OUT,">$od/$opts{name}.tandem")||die "open $od/$opts{name}.tandem failed\n";
open (IN,"$opts{tandem}") || die "open $opts{tandem} failed\n";
while(<IN>){
    chomp;
    @info=split(/,/,$_);
    $Agene=$info[0];
    $Bgene=$info[1];
    if(exists $hashG{$Agene} && exists $hashG{$Bgene}){
        print OUT $Agene."\t".$Bgene."\n";
    }

}
close(IN);
close(OUT);

“基于perl怎么提取基因家族內的串聯重復基因對”的內容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站，小編將為大家輸出更多高質量的實用文章！