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小編給大家分享一下perl如何提取進化樹中基因的順序，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！
提取進化樹中基因的順序
進化樹中基因是有順序的，有些時候我們會需要用到這個基因列表，如果，手動來做就會比較麻煩。哪有什么快速的方法嗎？
其實有的，進化樹的nwk文件中就有基因的順序：如下：
(chicken,((mouse,rat),(chimp,human)));
能夠發現圖中枝的順序就是nwk文件中的順序，這樣我們只需要提取這個順序即可。這里我寫了一個腳本，如下：
用法：
perl nwk_geneid.pl -i in.nwk -o out.txt
in.nwk 為輸入的nwk文件，out.txt是輸出的基因ID文件。
腳本代碼；
use Getopt::Long;
use strict;
my %opts;
GetOptions(\%opts,"i=s","o=s","h");
open(IN,"$opts{i}") || die "open $opts{i} failed\n";
open(OUT,">$opts{o}") ||die "open $opts{o} failed\n";
while(<IN>){
chomp;
my $str = $_;
$str =~ s/\d\.\d+//g;
$str =~ s/\(//g;
$str =~ s/\)//g;
$str =~ s/://g;
$str =~ s/;//g;
my @line = split(",",$str);
print OUT join("\n",@line);
}
close(IN);
close(OUT);以上是“perl如何提取進化樹中基因的順序”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！
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