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怎么用R語言apply批量進行t.test

發布時間:2022-01-20 10:43:58 來源:億速云 閱讀:482 作者:iii 欄目:開發技術

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批量t.test

基于R語言讀取整個表格中的數據,并對每一行依次進行t.test,如果寫成循環,運算速度非常慢,可以利用apply()函數輔助完成計算過程。

譬如有如下數據,共2000行6列,對A組數據和B組數據進行t.test計算:

> head(data,2)
                        A1   A2   A3   B1   B2    B3
TRINITY_DN100001_c0_g1 2.5 2.81 4.75 1.96 2.71  6.11
TRINITY_DN100002_c0_g1 0.0 0.00 0.00 0.00 0.00 40.45
> dim(data)
[1] 2000    6

基本函數為t.test(),并提取出返回值p.value,最終將所有p.value賦值給pvalue向量

pvalue=apply(data,1,function(x) t.test(x[1:3],x[4:6],paired = T)$p.value)

返回結果中針對第一第二行數據的pvalue值如下:

> head(pvalue,2)
TRINITY_DN100001_c0_g1 TRINITY_DN100002_c0_g1 
             0.7165794              0.4226497

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