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基因別名alias轉換成官方symbol的方法

發布時間:2022-03-19 13:57:25 來源:億速云 閱讀:437 作者:iii 欄目:開發技術

這篇文章主要講解了“基因別名alias轉換成官方symbol的方法”,文中的講解內容簡單清晰,易于學習與理解,下面請大家跟著小編的思路慢慢深入,一起來研究和學習“基因別名alias轉換成官方symbol的方法”吧!

limma包提供 alias2Symbol 可以將部分物種基因的別名,通過NCBI EntrezID轉換成官方的gene symbol

譬如:以人的 AP2基因為例:

> alias2Symbol(c("AP2"),species = "Hs",expand.symbols = F)
[1] "GTF3A"

支持多alias同時轉換。修改數組向量元素即可。

轉換過程將依賴對應的org包,需要提前進行安裝:

Package  Species

org.Ag.eg.dbAnopheles

org.Bt.eg.dbBovine

org.Ce.eg.dbWorm

org.Cf.eg.dbCanine

org.Dm.eg.dbFly

org.Dr.eg.dbZebrafish

org.EcK12.eg.dbE coli strain K12

org.EcSakai.eg.dbE coli strain Sakai

org.Gg.eg.dbChicken

org.Hs.eg.dbHuman

org.Mm.eg.dbMouse

org.Mmu.eg.dbRhesus

org.Pt.eg.dbChimp

org.Rn.eg.dbRat

org.Ss.eg.dbPig

org.Xl.eg.dbXenopus

感謝各位的閱讀,以上就是“基因別名alias轉換成官方symbol的方法”的內容了,經過本文的學習后,相信大家對基因別名alias轉換成官方symbol的方法這一問題有了更深刻的體會,具體使用情況還需要大家實踐驗證。這里是億速云,小編將為大家推送更多相關知識點的文章,歡迎關注!

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