溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇文章給大家介紹如何利用SNP構建指紋圖譜，內容非常詳細，感興趣的小伙伴們可以參考借鑒，希望對大家能有所幫助。
利用SNP構建指紋圖譜！
高通量測序會得到很多SNP，如何利用這些SNP是一項非常重要的工作；尤其在搜集篩選一些種質資源的時候，我們往往希望用最少的SNP區分盡量多的樣品，也就是指紋圖譜DNA fingerprinting，這在實際科研生產中是非常有用的、實用的，今天我給大家分享一款軟件—SNPT，它可以幫助您從萬千SNP變異中篩選出您最想得到的SNP組合，用于指紋圖譜的構建。
軟件介紹
SNPT下載地址：http://www.shigatox.net/stec/cgi-bin/snpt這個軟件可以做的分析：
Indentify unique SNPs profiles and assign sequence types(MST);
Calculate allele frequencies;
Find informative SNPs;
Calculate D (Index of the Discrininatory Ability);
Find the set(s) of minimum SNPs;
Output MST data file in mega and interleaved mega format.
輸入的文件格式如下：列之間用tab分隔，第一行為SNP在基因組上的位置信息；從第二行開始，第一列為樣品名稱，后面為對應SNP。
Strain 325 968 2351 4768 4980 6971 9323 1319 ARK0000038 G C C G G A G T ARK0000056 G C C G G A G T ARK0000062 G C C G G A G T ARK0000066 G C C G G A G T ARK0000069 G C T G G A G T ...
軟件使用
下載軟件，軟件無需安裝，解壓即可使用。
加載輸入文件。
計算最小SNP集合。
計算完成后右側文本框會有顯示，輸出文件也會在這顯示。
輸出文件：
每一行為一個樣本，每一列為一個標記，不同顏色代表不同分型。
關于如何利用SNP構建指紋圖譜就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，可以學到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
