pathway common是一款什么數據庫

這篇文章主要介紹pathway common是一款什么數據庫，文中介紹的非常詳細，具有一定的參考價值，感興趣的小伙伴們一定要看完！

network based analysis, 基于網絡的數據分析，是目前最常見的研究基因功能的方法，最典型的有pathway和蛋白質相互作用網絡的分析，基因間的相互作用構成了一個網絡，通過基于網絡數據的挖掘算法，挖掘潛在的hub基因。

基因的功能注釋來源于數據庫，對于pathway而言，有kegg pathway, reactome等數據庫，對于ppi而言，有string, IntAct等數據庫，不同數據庫收錄的數據內容和格式都不盡相同，為了更加方便的檢索各種數據庫，有科學家整合了多個pathway和ppi先關的數據庫中的信息，構建了一個綜合性的網站，pathway common。

數據庫的網址如下

https://www.pathwaycommons.org/

最初版本整合了包括BioGRID, HPRD, IncAct等共9個pathway和基因interactions的數據庫中的信息，詳細列表如下

后來又進一步整合了以下數據庫中的信息

1. kegg  pathway

2. PANTHER pathway

3. Wikipathways

4. NCI Pathway Interaction Database:Pathway

5. NetPath

   
   

通過首頁的Search功能，可以根據pathway或者基因名稱來檢索數據庫中的信息，以TP53為例，結果示意如下

包含了該基因相關的相互作用interactions和pathway兩種信息, 示意如下

1. interactions

利用各個數據庫中收錄的基因相互作用信息，繪制如下的基因互作網絡

2. Enrichment

如果一次5個以上的基因進行檢索，在Enrichment中會展示輸入的基因列表所富集的通路，示意如下

3. pathway

點擊每條pathway, 可以查看詳細的通路圖，示意如下

通過官網的PCViz功能，可以查看多個基因間功能互作網絡，結果示意如下

pathway common數據庫提供了一個統一的數據交互格式BioPAX, 所有的數據都可以通過以下FTP地址下載得到

https://www.pathwaycommons.org/archives/

通過該數據庫，可以方便的開展基于網絡的基因功能研究，當然這種整合性數據庫在方便的同時也有來源數據庫的限制，沒有一個數據庫可以涵蓋所有相關的數據庫，比如ppi最常用的string數據庫就沒有包含在其中，但是對于pathway而言，該數據庫算得上是非常全面了。

以上是“pathway common是一款什么數據庫”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！希望分享的內容對大家有幫助，更多相關知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！