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PlantCircNet數據庫有什么用

發布時間:2022-01-17 10:50:15 來源:億速云 閱讀:164 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章主要介紹PlantCircNet數據庫有什么用,文中介紹的非常詳細,具有一定的參考價值,感興趣的小伙伴們一定要看完!

PlantCircNet數據庫提供了植物相關的circRNA-miRNA-gene構成的ceRNA調控網絡信息,網址如下

http://bis.zju.edu.cn/plantcircnet/index.php

該數據庫包含了以下8個物種的ceRNA信息

  1. Arabidopsis thaliana

  2. Brachypodium distachyon

  3. Glycine max

  4. Hordeum vulgare

  5. Oryza sativa

  6. Solanum lycopersicum

  7. Triticum aestivum

  8. Zea mays


官網包含以下幾種功能

1. search

提供了多種檢索方式,基本檢索功能支持輸入環狀RNA來源基因的名字和miRNA的名稱,來查詢對應的ceRNA網絡,示意如下

PlantCircNet數據庫有什么用
檢索結果如下所示,不同形狀的節點代表不同的RNA,具體的對應關系可以查看圖例,點擊RNA的節點可以查看該節點的詳細信息

PlantCircNet數據庫有什么用

2.Browse

通過選擇物種,可以查看對應的環狀RNA信息,點擊Details可以查看詳細信息,示意如下

PlantCircNet數據庫有什么用

3. Blast

blast用于將輸入的查詢序列與數據庫中的環狀RNA序列進行比對,示意如下

PlantCircNet數據庫有什么用

4. Download

提供了環狀RNA對應的gtf文件和fasta序列文件,以及ceRNA列表供下載,示意如下

PlantCircNet數據庫有什么用

該數據庫是第一個植物方面的ceRNA調控網絡數據庫,研究植物的ceRNA可以參考該數據庫。


以上是“PlantCircNet數據庫有什么用”這篇文章的所有內容,感謝各位的閱讀!希望分享的內容對大家有幫助,更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道!

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