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這篇文章主要介紹了TRRUST數據庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。
TRRUST數據庫是一個記錄轉錄因子調控關系的數據庫，不僅包含轉錄因子對應的靶基因，也包含了轉錄因子間的調控關系。目前該數據庫只存儲了人和小鼠相關的調控信息，而且這些調控關系是通過文本挖掘的方法從文獻中整理得到的。
該數據庫最新版本為v2,網址如下
http://www.grnpedia.org/trrust/
對于human而言，包含了800種轉錄因子，8444個調控關系對；對于mouse而言，包含了828種轉錄因子，6552個調控關系對。
官網提供了人和小鼠的轉錄因子的列表，以human為例，轉錄因子列表的鏈接如下
http://www.grnpedia.org/trrust/data/search_list.human.htm
給出了每個轉錄因子對應的gene symbol, Entrez ID等信息，可以用于檢索。
通過官網的查詢功能，不僅可以查詢到轉錄因子的靶基因targets, 也可以查詢到調控該轉錄因子的其他轉錄因子，即regulators, 示意圖如下
在檢索框種輸入對應的gene symbol, 就可以了。如果輸入的基因為一個轉錄因子對應的基因，會同時輸出該轉錄因子的靶基因和調控該轉錄因子的其他轉錄因子，也會輸出該基因相關的GO, KEGG等功能注釋；如果輸入的基因不是一個轉錄因子，則只會輸出調控該基因的轉錄因子。
以轉錄因子AHR為例，檢索結果包含以下幾個部分
包含Disease Ontology, Gene Ontology, KEGG pathway三種注釋信息。
除了查詢功能，該數據庫還提供了一種尋找關鍵的TF的功能，示意如下
輸入一系列的基因，比如差異分析得到的差異基因，通過費舍爾精確檢驗，分析在哪個轉錄因子中富集，結果示意如下
該數據庫可以免費下載，而且提供了tsv格式，方便直觀，示意圖如下
感謝你能夠認真閱讀完這篇文章，希望小編分享的“TRRUST數據庫有什么用”這篇文章對大家有幫助，同時也希望大家多多支持億速云，關注億速云行業資訊頻道，更多相關知識等著你來學習!
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