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這篇文章給大家分享的是有關circRNADb數據庫有什么用的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。
circRNA是一類新發現的ncRNA, 和線性的pre-mRNA相比，缺少了5’端帽子和3’端polyA等結構，其頭尾相連形成一個閉合的環狀結構,更加的穩定。
相關研究表明,環狀RNA具有重要的生物學功能, 可以調控基因表達，作為miRNA sponge與miRNA結合, 也可以結合RNA binding蛋白，部分環狀RNA還具有蛋白編碼潛能,環狀RNA的研究有助于我們進一步理解轉錄水平的復雜性。
circRNAdb是一個人類環狀RNA的數據庫，只收錄了由exon反向剪切后形成的環狀RNA,示意圖如下
該數據庫中收錄的circRNA其頭尾都對應線性環狀RNA上的exon,網址如下
http://reprod.njmu.edu.cn/circrnadb/circRNADb.php
最新版的數據庫中共收錄了32914個circRNA, 不僅提供了染色體位置,序列等基本信息,還提供了蛋白編碼潛能等注釋信息。
通過導航欄的View All RNAs功能,可以直接查看所有的環狀RNA信息,示意如下
點擊紅色的circ_id可以查看詳細信息,以hsa_circ_00001為例,包含了以下結果
該數據庫中的circRNA id前綴為hsa_circ, 后面以5位數字編號唯一區分，基本信息包含了染色體位置，正負鏈,來源基因,基因組長度, 對應的樣本,示意如下
根據環狀RNA頭尾的染色體位置,在RefSeq轉錄本中根據exon的位置進行查找。由于可變剪切的存在,一個環狀RNA可能對應到多個轉錄本上,此時隨機挑選一個剪切長度最長的即可。
給出了IRES和ORF的位置，示意如下
根據數據庫中收錄的所有circRNA,進行了一些簡單的匯總分析
該數據庫中的數據是可以免費下載的,為我們研究人類的環狀RNA提供了一個參考。
感謝各位的閱讀！關于“circRNADb數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！
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