chipBase數據庫有什么用

這篇文章主要介紹了chipBase數據庫有什么用，具有一定借鑒價值，感興趣的朋友可以參考下，希望大家閱讀完這篇文章之后大有收獲，下面讓小編帶著大家一起了解一下。

轉錄調控是生命活動中重要的調控機制，通過chip_seq數據，我們可以得到轉錄因子或者組蛋白修飾和基因之間的調控關系。chipBase數據庫收集了來自10個物種共一萬多個樣本的chip_seq數據，整理出了轉錄因子和各種基因，包括蛋白編碼基因，lncRNA,miRNA, tRNA等ncRNA之間的調控網絡，該數據庫網址如下

http://rna.sysu.edu.cn/chipbase/index.php

該數據不僅提供了轉錄因子和各種基因的調控網絡，還提供了轉錄因子結合位點和motif的信息，同時利用TCGA數據庫中的RNA_seq數據，分析了轉錄因子和基因之間的共表達關系，整個數據庫的構建流程示意如下

chip_seq數據包含了兩種類型，一種是轉錄因子，另外一種是組蛋白修飾，從chip_seq的數據中，可以分析得到結合位點的區域，稱之為peak。

通過轉錄因子結合位點，可以進一步分析結合區域的motif, 還可以通過peak區域的基因注釋，得到轉錄因子和各種基因之間的調控關系。

該數據庫將基因分成了以下幾類

1. LncRNA

2. miRNA

3. OtherNcRNA

4. Protein

   
   

每個類別對應一個子菜單，以LncRNA為例，可以檢索得到某個轉錄因子與lncRNA之間的調控關系，檢索框示意如下

通過chip_seq數據分析轉錄因子與基因的調控關系，實際上是通過對peak區間進行基因注釋得到的，由于結合位點位于基因的附近，所以通常會指定一個區域，比如上下游各延伸1kb, 如果兩個區間重疊，就認為二者之間存在一個調控關系。

檢索結果示意如下，給出了轉錄因子CTCF所有可能調控的lncRNA

通過Regulator菜單，可以檢索調控某個基因的所有轉錄因子，以TP53為例，檢索結果示意如下

通過Motif菜單，可以查看轉錄因子motif分析的結果，結果示意如下

除此之外，官網還提供了以下兩個工具

1. ChIP-Function

對轉錄因子所有調控的靶基因，進行GO富集分析，結果示意如下

2. Co_Expression

利用從TCGA等公共數據庫中整理的約2000個RNA_seq的表達譜數據，分析指定基因的共表達關系， 結果示意如下

通過計算pearson相關系數和線性回歸來分析兩個基因表達量之間的相關性，并給出如下所示的結果

通過chipBase數據庫，可以方便的查看轉錄因子和各種基因之間的調控關系。

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