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怎樣使用Loupe Cell Browser查看10X單細胞轉錄組分析結果，相信很多沒有經驗的人對此束手無策，為此本文總結了問題出現的原因和解決方法，通過這篇文章希望你能解決這個問題。
Loupe Cell Browser，該軟件是一個圖形界面的軟件，操作非常的方便，支持windows和mac兩種操作系統。
安裝好之后，雙擊啟動，界面如下
在cell ranger軟件的輸出結果中，有一個名為cloupe.cloupe的文件，該文件就是用于輸入到Loupe Cell Browser軟件中的。
通過左上角的File->Open File， 或者Browser for a Loupe Cell Browser File菜單，導入對應的后綴cloupe的文件，導入成功后的頁面如下
默認展示的是t-SNE降維后的2D-plot, 細胞的顏色根據Graph-Based聚類結果進行填充，對于聚類得到的cluster, 可以通過對應的單選框，來調節是否在圖中顯示該cluster對應的細胞，顏色也可以編輯，更換不同的顏色，通過三角形的下拉按鈕，可以查看其它聚類的結果，比如K-means聚類的結果。
聚類的詳細結果，即每個細胞對應的cluster編號，可以通過最右側的按鈕導出到文件中，結果為CSV格式，內容示意如下
中間的表格顯示的是feature table, 即每個cluster下顯著差異的基因列表，示意如下
默認顯示下調的基因列表，可以通過選項進行設置，示意如下
同時還提供了hetamap的顯示結果，示意如下
以上這些就是該軟件的基本功能，相比網頁的顯示結果，該軟件交互式更強，可以更加方便的探究數據。
看完上述內容，你們掌握怎樣使用Loupe Cell Browser查看10X單細胞轉錄組分析結果的方法了嗎？如果還想學到更多技能或想了解更多相關內容，歡迎關注億速云行業資訊頻道，感謝各位的閱讀！
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