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這篇文章將為大家詳細講解有關怎么使用EPIC預測腫瘤微環境中免疫細胞構成，文章內容質量較高，因此小編分享給大家做個參考，希望大家閱讀完這篇文章后對相關知識有一定的了解。
在傳統的RNA_seq測序中，每個樣本取樣后實際包含了成千上萬個細胞，和單細胞測序的single cell相比，這樣的樣本稱之為bulk samples。在bulk samples的這么多細胞中，可能包含來自多個細胞亞群。
在腫瘤組織中，由于腫瘤微環境中各種細胞的浸潤，其RNA_seq的樣本中必然存在了腫瘤細胞，浸潤的免疫細胞等多種細胞亞群。為了準確的評估腫瘤微環境中免疫細胞的構成，科學家做了很多努力，EPIC就是一款利用腫瘤樣本RNA_seq表達譜數據評估樣本免疫細胞構成的軟件，對應的文章鏈接如下
https://elifesciences.org/articles/26476
該軟件封裝成了R包，網址如下
https://github.com/GfellerLab/EPIC
同時提供了在線服務，網址如下
https://gfellerlab.shinyapps.io/EPIC_1-1/
只需要上傳腫瘤樣本的表達譜數據即可，示意如下
上傳文件的內容示意如下
每行代表一個基因，每一列代表一個樣本，結果分成以下兩個部分
給出了每個樣本中各個細胞亞群的比例，示意如下
用柱狀圖的形式展示各個樣本細胞組分，結果示意如下
用熱圖的形式展示各個樣本細胞組分，結果示意如下
用箱體圖的形式，展示每種細胞亞群的分布，結果示意如下
通過EPIC可以預測和比較腫瘤樣本的免疫細胞浸潤情況，操作簡便。
關于怎么使用EPIC預測腫瘤微環境中免疫細胞構成就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，可以學到更多知識。如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到。
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