footprintDB數據庫有什么用

小編給大家分享一下footprintDB數據庫有什么用，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

對于轉錄因子而言，相關的信息有以下幾種

1. transcription factors

2. DNA motifs

3. DNA binding sites

4. target genes

   
   

transcription factors表示轉錄因子的名稱，對應的基因，家族，序列等基本信息，DNA motifs代表該轉錄因子結合區域的保守模式，DNA binding sites代表該轉錄因子實際的結合區域，target  genes代表轉錄因子調控的靶基因。

footprintDB是一個綜合性的轉錄因子數據庫，通過整合多個轉錄因子相關的數據庫，最終構建出一個非冗余的數據集，在該數據庫中，存儲了transcription factors, DNA motifs, DNA binding sites3種信息。網址如如下

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php

該數據庫整合了以下19個數據庫中的信息

1. JASPAR

2. CISBP

3. 3D-footprint

4. HT-SELEX2

5. UniPROBE

6. HOCOMOCO

7. AthalianaCistrome

8. HumanTF

9. HumanTF2

10. AthaMYB

11. FlyZinFinger

12. SMILE-seq

13. ArabidopsisPBM

14. Athamap

15. DBTBS

16. RegulonDB

17. DrosophilaTF

18. humanC2H2ZF-Chip

19. EEADannot

    
    

每個數據庫的版本，轉錄因子數量等統計信息詳見以下鏈接

http://floresta.eead.csic.es/footprintdb/index.php?databases

數據庫中的全部信息統計如下

該數據提供了檢索功能，可以檢索transcription factors, DNA binding Motifs, DNA binding sites的信息，示意如下

以轉錄因子FOXP2_HUMAN為例，結果如下

1. Transcription Factor

包含了轉錄因子對應的基因，物種，蛋白編號，蛋白序列， 序列, motif， binding sites 等信息。

2. DNA Binding Motif

包含了motif的編號，對應的物種，一致性序列，sequence logo, PSSM矩陣，binding  sites 等信息。

3. DNA binding Sites

包含了結合位點的編號，序列，對應的motif和轉錄因子等信息。

除了檢索功能外，該數據庫還提供了motif compare的功能，輸入一個motif的PSSM矩陣或者binding區域的序列，可以將該motif與數據庫中已有的motif比對，確定是否為已知的motif, 示意如下

這個功能運行時間會很久，建議提供郵箱，運行完畢后會將結果發送到與郵箱里。

通過footprinDB這種整合型的數據庫，可以省去在多個數據庫之間交叉檢索的煩惱，提高檢索效率，這種類型的數據庫也是一個流行趨勢。

以上是“footprintDB數據庫有什么用”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！