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BioGRID數據庫有什么用

發布時間:2022-01-15 15:54:46 來源:億速云 閱讀:1158 作者:小新 欄目:大數據

這篇文章給大家分享的是有關BioGRID數據庫有什么用的內容。小編覺得挺實用的,因此分享給大家做個參考,一起跟隨小編過來看看吧。

BioGRID數據庫是一個老牌經典的蛋白質相互作用數據庫,在今年9月份剛剛分布了最新版本3.5.165,該版本從66,164篇文獻中整理出了1,607,037個蛋白質相互作用,28,093個嵌合體信息以及726,378個轉錄后修飾PTM信息,涵蓋了多個物種,官網地址如下

https://thebiogrid.org/

通過官網的檢索功能,可以根據基因或者蛋白標識符進行檢索,示意如下

BioGRID數據庫有什么用

在檢索頁面主要分成以下3大部分

1. 基本描述信息

示意結果如下,包含了蛋白質的名稱,別名,轉錄后修飾,即UBI對應的行,GO注釋信息,和其他數據庫的鏈接

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2. 統計信息

示意如下,統計每種相互作用類型的數目和比例

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3. 詳細結果頁面

示意如下,可以查看Interactors等詳細信息

BioGRID數據庫有什么用

通過Network菜單,可以顯示該蛋白質的相互作用網絡,示意如下
BioGRID數據庫有什么用

BioGRID數據庫中的數據是免費開放下載的,下載鏈接如下

https://downloads.thebiogrid.org/BioGRID

和其他數據庫類似,同時提供了TABXML格式供下載。

BioGRID數據庫有什么用

感謝各位的閱讀!關于“BioGRID數據庫有什么用”這篇文章就分享到這里了,希望以上內容可以對大家有一定的幫助,讓大家可以學到更多知識,如果覺得文章不錯,可以把它分享出去讓更多的人看到吧!

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