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怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享

發布時間:2021-09-04 14:18:09 來源:億速云 閱讀:1446 作者:chen 欄目:互聯網科技

這篇文章主要介紹“怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享”,在日常操作中,相信很多人在怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享問題上存在疑惑,小編查閱了各式資料,整理出簡單好用的操作方法,希望對大家解答”怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享”的疑惑有所幫助!接下來,請跟著小編一起來學習吧!



概論

近年來AI技術的繁榮和深化,尤其是深度學習的崛起,離不開海量數據和計算力的提升。尤其是對Nvidia的GPU的利用,讓深度學習獲得幾十倍的性能提升,才徹底打開了AI想象空間。雖然智慧芯片近年來有著百花齊放的風景,最典型的例如Google的TPU,但是平心而論,從普惠意義和生態上,Nvidia的GPU仍然占有主導位置。


不過,Nvidia的GPU無疑是昂貴的,所以如何最大化利用好GPU的硬件資源,是每一個算力平臺型產品都要考慮的問題。比如,有多個用戶使用GPU服務器進行訓練時,如何保證資源合理的分配非常重要。得益于Nvidia公司為Docker寫的Runtime,也就是Nvidia-Docker,使得在Docker里使用GPU成為可能。從容器粒度來管理和使用GPU要比從主機角度容易很多,因為運行GPU的AI任務通常配置非常復雜,這種復雜包括管理員從管理GPU卡的分配和使用者切換不同的訓練環境,而容器可以封裝不同的訓練環境,很大程度上降低復雜性。此外,借助Kubernetes來管理Nvidia-Docker,使得GPU任務的分配更加簡單和合理,目前已成為幾乎所有主流的AI算力平臺的方案。


Kubernetes支持通過Device-Plugin的方式來增加對默認資源(CPU,Memory等)之外的設備支持,而第三方可以通過編寫相應的Device-Plugin來增加對設備的支持。目前Nvidia也是通過這樣的方式對GPU進行支持。


K8s + Nvidia-Device-Plugin的方式兩個限制:每一塊GPU同時最多只能被一個容器使用;沒有考慮GPU卡之間的通道親和性。這樣的方式已經滿足了部分AI算力需求場景,但是某些場景下還是有缺點和限制的: 每一塊GPU同時最多只能被一個容器使用,這在訓練模式下沒有任何問題,但是在開發調試模式下會造成巨大的資源浪費。因為開發調試模式下用戶大部分時間并沒有實質運行GPU的資源,但卻排他的獨占了昂貴的GPU。此外在多卡主機架構下,GPU卡直接的連接通常是不一樣的,有的通過Nvlink相連,有的通過PCIe,而不同的連接方式性能差別非常大。而沒有考慮同個主機里GPU卡直接的通道親和性時,也會給多卡計算時需要發生數據傳輸時(如all_reduce操作)帶來過高的通信開銷。那么自然而然,在同一個容器掛載多張GPU卡時,我們當然更希望會掛載通道親和性更好的卡。


本文會介紹K8s進行GPU調度的通用流程和我們的一些改造方案。包括用于支持容器GPU掛載的Nvidia-Docker、K8s中將GPU作為拓展資源調度的Device-Plugin機制,以及針對原生Nvidia-Device-Plugin存在的問題的改造方案。


Nvidia-Docker的簡單介紹

Nvidia-Docker是Nvidia官方對容器做的拓展,用以讓容器能夠支持Nvidia的GPU設備。據官方統計的數據標明,目前Nvidia-Docker的下載量已經超過200萬次,可以得知目前使用Nvidia-Docker來做AI系統環境已經是非常主流的做法。


這里不詳細介紹Nvidia-Docker的原理了,詳細的原理可以閱讀其官方的設計文檔,這里只作簡單的介紹。從2015年開始,Docker容器的誕生了一套容器運行時標準OCI(Open Containers Initiative),它包含容器運行時標準(Runtime-Spec)和 容器鏡像標準(Image-Spec)。而著名的Runc則是這套標準的一個默認實現,然而任何滿足該標準的實現都可以注冊為容器的運行時拓展。Containerd則包裝了Runc和其它功能如生命周期管理等,以Daemon的形式運行在主機。Nvidia-Docker正是基于這一套拓展標準增加Nvidia GPU的容器支持。Nvidia-Docker主要原理是將對GPU的支持放入一個兼容OCI標準的運行時庫拓展libnvidia-container中,并在Runtime的API中進行調用,在libnvidia-container中通過共享和調用主機側的nvidia-driver實現對GPU的支持。在容器啟動時,Runc會調用一個叫做nvidia-container-runtime-hook的hook,這個hook會去檢查相應的環境是否具有GPU的支持和一些環境檢查,完成之后容器啟動,在運行時容器內進程也是通過libnvidia-container暴露的接口進行交互,從而實現容器對GPU的透傳和運行時支持。

怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享

(圖片來源:https://devblogs.nvidia.com/gpu-containers-runtime)

值得注意的是,Nvidia-Docker容器會使用主機側的Nvidia-Driver,再上層的軟件棧如cuda/cudnn,AI框架等,則在容器里面提供。此外,多個Nvidia-Docker可以掛載同一個GPU,只要通過環境變量指定就好,并沒有數量上的限制。


為了方便理解后面Device-Plugin的機制,這里簡單介紹一下Nvidia-Docker掛載不同GPU設備的方式。Nvidia-Docker的使用非常簡單,它通過指定一個環境變量來指定將要掛載的GPU設備,不過要在Docker的配置文件中指定Docker的Runtime為Nvidia-Docker,或者通過命令行顯式指定也可以:

nvidia-docker run -e NVIDIA_VISIBLE_DEVICES=0,1 --runtime=nvidia -it tensorflow/tensorflow-gpu:v1.13 bash
 

如果在Docker配置中已經做過相關配置,那么就可以簡化為:

docker run -e NVIDIA_VISIBLE_DEVICES=0,1 -it tensorflow/tensorflow-gpu:v1.13 bash
 

這里NVIDIA_VISIBLE_DEVICES這個環境變量用來指定需要綁定的GPU卡的邏輯ID,就可以實現容器中對該卡的綁定,使用上非常簡單。


K8s的Device-Plugin機制

K8s通過Device-Plugin的機制對非默認的資源設備進行支持,例如RDMA設備、AMD GPU等,當然也包括本文最關心的Nvidia GPU。通過編寫相應的Device-Plugin,第三方資源設備上可以在K8s中添加對相應設備的支持,讓用戶獲得和原生資源(CPU,Memory等)近乎一樣的使用體驗。

Device-Plugin機制本質上是一個RPC服務。K8s定義了一個RPC調用接口,第三方資源設備方可以通過實現該接口來讓該設備得以在K8s側得以支持,并且在使用方式上和默認資源沒有太大區別。Device-Plugin以Daemonset的方式在主機側運行,并且通過一個Socket文件與Kubelet進行通信,從而通過Kubelet給K8s上報相關信息。部署了該Daemonset的主機節點在k8s看來會包含由Device-Plugin注冊的硬件資源。Device-Plugin總的原理如下:

怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享

(圖片來源:https://medium.com/@Alibaba_Cloud)



首先,Device-Plugin需要向K8s注冊該資源,注冊機制通過實現以下RPC接口得以實現:

service Registration {  rpc Register(RegisterRequest) returns (Empty) {}}
 

在詳細的rpc調用中,該接口會上報socket名稱、Device-Plugin的Api Version等信息,當然,更重要的是它會上報ResourceName,該ResourceName會被K8s登記為該自定義設備的名稱,而名稱的規范是vendor-domain/resource,例如,Nvidia的GPU就被定義為nvidia.com/gpu,在用戶申請資源時,就需要使用該名稱。例如,在創建POD的資源配置里,需要這樣指定該資源:

apiVersion: v1kind: Podmetadata:  name: demo-podspec:  containers:    - name: demo-container-1      image: k8s.gcr.io/pause:2.0      resources:        limits:          nvidia.com/gpu: 2
 

注冊之后,Device-Plugin還需要上報主機側的設備的數量和狀態,例如,如果主機節點上有8塊GPU卡,Device-Plugin會將該數量的資源數量和資源id列表告知K8s。此外,當有Pod向K8s申請該資源時,K8s會從上報的id列表中按照一定策略返回滿足用戶需求的資源數量的id序列,當該id列表返回給Device-Plugin,再由Device-Plugin根據一定策略映射到真正的資源設備。以上的過程主要由以下的RPC調用實現的:

  service DevicePlugin {        rpc ListAndWatch(Empty) returns (stream ListAndWatchResponse) {}        rpc Allocate(AllocateRequest) returns (AllocateResponse) {}  }
 

這里的ListAndWatch將由Device-Plugin調用NVML庫獲取主機側的GPU設備和狀態,并返回給k8s相應的設備列表。而Allocate將在容器創建被調用,用來返回一些能夠使用主機上該資源的特殊配置,比如一些環境變量,再將這些信息給到Kubelet,并在容器啟動的時候傳給容器。對于Nvidia GPU而言,主要是前面的提到的環境變量NVIDIA_VISIBLE_DEVICES,這樣容器啟動的時候就能夠掛載相應的GPU設備了。


值得注意的是,容器側并沒有任何gpu虛擬化或者顯存分配的策略,所以Nvidia-Device-Plugin分配的粒度是單張卡,并且絕對的一一映射,即上報的GPU數量就是絕對的GPU數量,k8s側負責資源的分配,再由Device-Plugin受K8s的返回的需要掛載GPU數量和ID,并將容器映射到實際的GPU設備上。


這樣的方式在某些場景下是合理的,比如在強計算量任務的模式下,能夠避免不同進程對GPU卡資源的爭搶以致發生顯存OOM等現象。但是在某些場景下缺會造成巨大的資源浪費。比如有某些容器環境僅僅是給到用戶進行算法的開發和調試,這樣的任務在絕大部分時間里并不會實際使用GPU,這種情況下能夠讓容器可以適當的共享GPU是有很大價值的,畢竟GPU的價格非常昂貴,我們需要提供共享機制最大化資源的使用。此外Nvidia-Device-Plugin并沒有考慮GPU的親和性,這有可能會讓單容器多卡的容器遭遇較差的計算性能。這里會介紹我們的實現思路。


如何讓不同容器共享GPU?

前面介紹過,Device-Plugin通過ListAndWatch接口上報GPU資源列表,那么自然而然,我們會想,如果能夠偽造出更多虛擬的GPU ID給K8s,K8s在分配POD資源的時候返回虛擬的id,再由Device-Plugin映射回真實的id從而實現GPU卡的復用,就像虛擬內存地址到物理內存地址映射一樣,而虛擬內存可以比物理內存大很多。是的,主要的思路就是這樣,構造出虛擬的GPU設備id,在容器真正啟動的時候再映射到真實的GPU設備。但是有一個非常重要的問題需要解決:怎么樣保證GPU負載的大體上的平衡,而不會出現某些卡上綁定了太多的容器,而另一些卡上則沒有任何容器?這個現象是有可能出現的,容器的壽命不一,不斷的創建和刪除容器極有可能會造成GPU資源分配的不均勻。所以虛擬id到真實id的映射不能夠是通過一個簡單的線性映射關系來決定,而是需要通過考慮在任務創建時的真實的GPU負載來動態的決定掛載GPU的id。


解決這個問題我們評估過兩個方案:調用NVML獲取GPU卡的實時狀態,并選擇負載較少的卡進行分配;借助外部數據庫存放每個節點的GPU負載信息,Device-Plugin在Allocate的時候調用Redis的信息查看負載情況。我們最終采用的是第二種方法,因為NVML只能夠查詢進程占用、資源占用的情況,如果一個容器綁定了一塊GPU卡,但容器里面并沒有任何進程使用GPU,那么用NVML并不能查看真實的容器綁定關系。我們現階段還是希望把負載局限在卡上綁定的容器數,而不是真實的GPU使用率。


當決定采用借助于一個外部的Redis數據庫的方案,用來存放每個節點的實時動態的狀態,我們會在redis中為每一個節點維護一個單獨的map,記錄每個GPU id上分配的容器數量和任務名稱。當Device-Plugin每次決定Allocate分配時,會去查詢Redis中查詢該節點下各個GPU id的容器負載,選擇最低的部分進行綁定,并且將相應的GPU id上的容器負載增加1。當資源釋放時,Device-Plugin并不能知道釋放的消息,我們通過K8s的調度服務的Informer機制,在自定義的Informer中捕捉到釋放的POD的節點信息和任務名稱,并以此并將Redis中相應的GPU id的資源數減去1。通過這種方式維護和監控著GPU資源的分配信息。這里僅僅介紹解決的思路,具體細節不再展開。


如何讓多卡任務綁定親和性高的卡?

GPU的通道親和性在多卡訓練任務中非常重要,因為不同的連接介質對卡與卡之間的數據傳輸速度影響非常大。以下是一個典型的8卡GPU的卡間通道拓撲圖。可以看出有的卡之間是通過Nvlink(NV1等)相連,有的是通過PCIe(PIX)相連。

怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享

而不同的GPU通道會導致完全不一樣的數據傳輸性能,通常它們之間的速度傳輸能相差很多倍,例如,Nvlink可以達到幾十GB/s,而PCIe通常只有10 GB/s左右的吞吐性能。下圖是Nvidia Tesla P100的系列的直觀的連通拓撲圖和通道傳輸性能:

怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享

(圖片來源:https://www.nvidia.com)

正如前面所說,Nvidia-Device-Plugin并沒有考慮通道的親和性,也就是說在一個單容器雙卡的容器中,通過K8s的調度極有可能將兩個通過PCIe連接的卡綁定到一起,即便有在同一個Nvlink通道的卡的存在,這顯然是不合理的。高親和性和容器負載均衡有時會是相互矛盾的需求,如果追求絕對的親和性,那么可能要犧牲容器任務的負載均衡。我們采用的算法策略是盡量讓這兩個指標取得一個均衡。


如果不考慮真實的GPU任務負載,單純的讓高親和性的卡綁定到一起是比較容易實現的。類似于共享GPU實現的思路,在多卡綁定的任務重,我們可以在Device-Plugin里面調用NVML,獲得GPU卡的連接拓撲,從而知道它們之間的親和性關系。然后當Allocate的時候,選擇讓高親和性通道間的GPU卡分配到一起即可。但是,如果考慮到高親和性的卡中間有部分的容器任務負載非常高,那么這個時候可能要高負載的影響。比較合理的方式是使用評分函數,按照一定策略給不同的可選組合評分,選擇得分最高的組合。但是我們采用較簡單和直接的策略:首先選出負載最小的一個GPU id,再選擇跟這個id在同一高親和性通道的GPU卡,并挑選其中任務負載最小的卡進行綁定。具體的細節不再展開了,主要是對NVML庫的調用,可以拿到主機的通道拓撲,剩下的工作是順理成章的。


總結

本文簡單介紹了Docker對Nvidia GPU的支持方案以及K8s的Device-Plugin機制。并且針對現有的Nvidia-Device-Plugin的某些場景缺陷提供解決思路。主要是針對GPU卡的任務間共享和通道親和性的優化。然而,這些改造都是要看場景的,有的場景值得和迫切需要這么做,但是有的場景卻非常不適合。這樣的改造會增加外部依賴并且讓Nvidia-Device-Plugin的GPU卡的綁定策略變得更加復雜,所以我個人強烈建議只有在必要的時候進行這些改造。而平臺的交互式測試、驗證場景,正是這樣改造的場景和動力。


到此,關于“怎么在Kubernetes實現GPU調度及共享”的學習就結束了,希望能夠解決大家的疑惑。理論與實踐的搭配能更好的幫助大家學習,快去試試吧!若想繼續學習更多相關知識,請繼續關注億速云網站,小編會繼續努力為大家帶來更多實用的文章!

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