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目前,Python 科學棧中的所有主要項目都同時支持 Python 3.x 和 Python 2.7,不過,這種情況很快即將結束。去年 11 月,Numpy 團隊的一份聲明引發了數據科學社區的關注: 這一科學計算庫即將放棄對于 Python 2.7 的支持 ,全面轉向 Python 3。Numpy 并不是唯一宣稱即將放棄 Python 舊版本支持的工具,pandas 與 Jupyter notebook 等很多產品也在即將放棄支持的名單之中。對于數據科學開發者而言,如何將已有項目從 Python 2 轉向 Python 3 成為了正在面臨的重大問題。來自莫斯科大學的 Alex Rogozhnikov 博士為我們整理了一份代碼遷移指南。
Python 3 功能簡介
Python 是機器學習和其他科學領域中的主流語言,我們通常需要使用它處理大量的數據。Python 兼容多種深度學習框架,且具備很多優秀的工具來執行數據預處理和可視化。
但是,Python 2 和 Python 3 長期共存于 Python 生態系統中,很多數據科學家仍然使用 Python 2。2019 年底,Numpy 等很多科學計算工具都將停止支持 Python 2,而 2018 年后 Numpy 的所有新功能版本將只支持 Python 3。
為了使 Python 2 向 Python 3 的轉換更加輕松,我收集了一些 Python 3 的功能,希望對大家有用。
使用 pathlib 更好地處理路徑
pathlib 是 Python 3 的默認模塊,幫助避免使用大量的 os.path.joins:
from pathlib import Path dataset = 'wiki_images' datasets_root = Path('/path/to/datasets/') train_path = datasets_root / dataset / 'train' test_path = datasets_root / dataset / 'test' for image_path in train_path.iterdir(): with image_path.open() as f: # note, open is a method of Path object # do something with an image
Python 2 總是試圖使用字符串級聯(準確,但不好),現在有了 pathlib,代碼安全、準確、可讀性強。
此外,pathlib.Path 具備大量方法,這樣 Python 新用戶就不用每個方法都去搜索了:
p.exists() p.is_dir() p.parts() p.with_name('sibling.png') # only change the name, but keep the folder p.with_suffix('.jpg') # only change the extension, but keep the folder and the name p.chmod(mode) p.rmdir()
pathlib 會節約大量時間,詳見:
文檔:https://docs.python.org/3/library/pathlib.html;
參考信息:https://pymotw.com/3/pathlib/。
類型提示(Type hinting)成為語言的一部分
PyCharm 中的類型提示示例:
Python 不只是適合腳本的語言,現在的數據流程還包括大量步驟,每一步都包括不同的框架(有時也包括不同的邏輯)。
類型提示被引入 Python,以幫助處理越來越復雜的項目,使機器可以更好地進行代碼驗證。而之前需要不同的模塊使用自定義方式在文檔字符串中指定類型(注意:PyCharm 可以將舊的文檔字符串轉換成新的類型提示)。
下列代碼是一個簡單示例,可以處理不同類型的數據(這就是我們喜歡 Python 數據棧之處)。
def repeat_each_entry(data): """ Each entry in the data is doubled """ index = numpy.repeat(numpy.arange(len(data)), 2) return data[index]
上述代碼適用于 numpy.array(包括多維)、astropy.Table 和 astropy.Column、bcolz、cupy、mxnet.ndarray 等。
該代碼同樣可用于 pandas.Series,但是方式是錯誤的:
repeat_each_entry(pandas.Series(data=[0, 1, 2], index=[3, 4, 5])) # returns Series with Nones inside
這是一個兩行代碼。想象一下復雜系統的行為多么難預測,有時一個函數就可能導致錯誤的行為。明確了解哪些類型方法適合大型系統很有幫助,它會在函數未得到此類參數時給出提醒。
def repeat_each_entry(data: Union[numpy.ndarray, bcolz.carray]):
如果你有一個很棒的代碼庫,類型提示工具如 MyPy 可能成為集成流程中的一部分。不幸的是,提示沒有強大到足以為 ndarrays/tensors 提供細粒度類型,但是或許我們很快就可以擁有這樣的提示工具了,這將是 DS 的偉大功能。
類型提示 → 運行時的類型檢查
默認情況下,函數注釋不會影響代碼的運行,不過它也只能幫你指出代碼的意圖。
但是,你可以在運行時中使用 enforce 等工具強制進行類型檢查,這可以幫助你調試代碼(很多情況下類型提示不起作用)。
@enforce.runtime_validation def foo(text: str) -> None: print(text) foo('Hi') # ok foo(5) # fails @enforce.runtime_validation def any2(x: List[bool]) -> bool: return any(x) any ([False, False, True, False]) # True any2([False, False, True, False]) # True any (['False']) # True any2(['False']) # fails any ([False, None, "", 0]) # False any2([False, None, "", 0]) # fails
函數注釋的其他用處
如前所述,注釋不會影響代碼執行,而且會提供一些元信息,你可以隨意使用。
例如,計量單位是科學界的一個普遍難題,astropy 包提供一個簡單的裝飾器(Decorator)來控制輸入量的計量單位,并將輸出轉換成所需單位。
# Python 3 from astropy import units as u @u.quantity_input() def frequency(speed: u.meter / u.s, wavelength: u.m) -> u.terahertz: return speed / wavelength frequency(speed=300_000 * u.km / u.s, wavelength=555 * u.nm) # output: 540.5405405405404 THz, frequency of green visible light
如果你擁有 Python 表格式科學數據(不必要太多),你應該嘗試一下 astropy。你還可以定義針對某個應用的裝飾器,用同樣的方式來控制/轉換輸入和輸出。
通過 @ 實現矩陣乘法
下面,我們實現一個最簡單的機器學習模型,即帶 L2 正則化的線性回歸:
# l2-regularized linear regression: || AX - b ||^2 + alpha * ||x||^2 -> min # Python 2 X = np.linalg.inv(np.dot(A.T, A) + alpha * np.eye(A.shape[1])).dot(A.T.dot(b)) # Python 3 X = np.linalg.inv(A.T @ A + alpha * np.eye(A.shape[1])) @ (A.T @ b)
下面 Python 3 帶有 @ 作為矩陣乘法的符號更具有可讀性,且更容易在深度學習框架中轉譯:因為一些如 X @ W + b[None, :] 的代碼在 numpy、cupy、pytorch 和 tensorflow 等不同庫下都表示單層感知機。
使用 ** 作為通配符
遞歸文件夾的通配符在 Python2 中并不是很方便,因此才存在定制的 glob2 模塊來克服這個問題。遞歸 flag 在 Python 3.6 中得到了支持。
import glob # Python 2 found_images = \ glob.glob('/path/*.jpg') \ + glob.glob('/path/*/*.jpg') \ + glob.glob('/path/*/*/*.jpg') \ + glob.glob('/path/*/*/*/*.jpg') \ + glob.glob('/path/*/*/*/*/*.jpg') # Python 3 found_images = glob.glob('/path/**/*.jpg', recursive=True)
python3 中更好的選擇是使用 pathlib:
# Python 3 found_images = pathlib.Path('/path/').glob('**/*.jpg')
Print 在 Python3 中是函數
Python 3 中使用 Print 需要加上麻煩的圓括弧,但它還是有一些優點。
使用文件描述符的簡單句法:
print >>sys.stderr, "critical error" # Python 2 print("critical error", file=sys.stderr) # Python 3
在不使用 str.join 下輸出 tab-aligned 表格:
# Python 3 print(*array, sep='\t') print(batch, epoch, loss, accuracy, time, sep='\t')
修改與重新定義 print 函數的輸出:
# Python 3 _print = print # store the original print function def print(*args, **kargs): pass # do something useful, e.g. store output to some file
在 Jupyter 中,非常好的一點是記錄每一個輸出到獨立的文檔,并在出現錯誤的時候追蹤出現問題的文檔,所以我們現在可以重寫 print 函數了。
在下面的代碼中,我們可以使用上下文管理器暫時重寫 print 函數的行為:
@contextlib.contextmanager def replace_print(): import builtins _print = print # saving old print function # or use some other function here builtins.print = lambda *args, **kwargs: _print('new printing', *args, **kwargs) yield builtins.print = _print with replace_print(): <code here will invoke other print function>
上面并不是一個推薦的方法,因為它會引起系統的不穩定。
print 函數可以加入列表解析和其它語言構建結構。
# Python 3 result = process(x) if is_valid(x) else print('invalid item: ', x)
f-strings 可作為簡單和可靠的格式化
默認的格式化系統提供了一些靈活性,且在數據實驗中不是必須的。但這樣的代碼對于任何修改要么太冗長,要么就會變得很零碎。而代表性的數據科學需要以固定的格式迭代地輸出一些日志信息,通常需要使用的代碼如下:
# Python 2 print('{batch:3} {epoch:3} / {total_epochs:3} accuracy: {acc_mean:0.4f}±{acc_std:0.4f} time: {avg_time:3.2f}'.format( batch=batch, epoch=epoch, total_epochs=total_epochs, acc_mean=numpy.mean(accuracies), acc_std=numpy.std(accuracies), avg_time=time / len(data_batch) )) # Python 2 (too error-prone during fast modifications, please avoid): print('{:3} {:3} / {:3} accuracy: {:0.4f}±{:0.4f} time: {:3.2f}'.format( batch, epoch, total_epochs, numpy.mean(accuracies), numpy.std(accuracies), time / len(data_batch) ))
樣本輸出:
120 12 / 300 accuracy: 0.8180±0.4649 time: 56.60
f-strings 即格式化字符串在 Python 3.6 中被引入:
# Python 3.6+ print(f'{batch:3} {epoch:3} / {total_epochs:3} accuracy: {numpy.mean(accuracies):0.4f}±{numpy.std(accuracies):0.4f} time: {time / len(data_batch):3.2f}')
另外,寫查詢語句時非常方便:
query = f"INSERT INTO STATION VALUES (13, '{city}', '{state}', {latitude}, {longitude})"
「true division」和「integer division」之間的明顯區別
對于數據科學來說這種改變帶來了便利(但我相信對于系統編程來說不是)。
data = pandas.read_csv('timing.csv') velocity = data['distance'] / data['time']
Python 2 中的結果依賴于『時間』和『距離』(例如,以米和秒為單位)是否被保存為整數。
在 Python 3 中,結果的表示都是精確的,因為除法的結果是浮點數。
另一個案例是整數除法,現在已經作為明確的運算:
n_gifts = money // gift_price # correct for int and float arguments
注意,該運算可以應用到內建類型和由數據包(例如,numpy 或 pandas)提供的自定義類型。
推薦:Python核心團隊計劃2020年停止支持Python2,NumPy宣布停止支持計劃表
[Python核心團隊計劃在2020年停止支持Python 2。NumPy項目自2010年以來一直支持Python 2和Python 3,并且發現支持Python 2對我們有限的資源增加了負擔;因此,我們最終計劃
嚴格排序
# All these comparisons are illegal in Python 3 3 < '3' 2 < None (3, 4) < (3, None) (4, 5) < [4, 5] # False in both Python 2 and Python 3 (4, 5) == [4, 5] 防止不同類型實例的偶然性的排序。 sorted([2, '1', 3]) # invalid for Python 3, in Python 2 returns [2, 3, '1'] 在處理原始數據時幫助發現存在的問題。 旁注:對 None 的合適檢查是(兩個版本的 Python 都適用): if a is not None: pass if a: # WRONG check for None pass
自然語言處理的 Unicode
s = '您好' print(len(s)) print(s[:2])
輸出:
Python 2: 6\n�� Python 3: 2\n 您好. x = u'со' x += 'co' # ok x += 'со' # fail
Python 2 在此失敗了,而 Python 3 可以如期工作(因為我在字符串中使用了俄文字母)。
在 Python 3 中 strs 是 Unicode 字符串,對非英語文本的 NLP 處理更加方便。
還有其它有趣的方面,例如:
'a' < type < u'a' # Python 2: True 'a' < u'a' # Python 2: False from collections import Counter Counter('Möbelstück') Python 2: Counter({'\xc3': 2, 'b': 1, 'e': 1, 'c': 1, 'k': 1, 'M': 1, 'l': 1, 's': 1, 't': 1, '\xb6': 1, '\xbc': 1}) Python 3: Counter({'M': 1, 'ö': 1, 'b': 1, 'e': 1, 'l': 1, 's': 1, 't': 1, 'ü': 1, 'c': 1, 'k': 1})
這些在 Python 2 里也能正確地工作,但 Python 3 更為友好。
保留詞典和**kwargs 的順序
在 CPython 3.6+ 版本中,字典的默認行為類似于 OrderedDict(在 3.7+版本中已得到保證)。這在字典理解(和其他操作如 json 序列化/反序列化期間)保持順序。
import json x = {str(i):i for i in range(5)} json.loads(json.dumps(x)) # Python 2 {u'1': 1, u'0': 0, u'3': 3, u'2': 2, u'4': 4} # Python 3 {'0': 0, '1': 1, '2': 2, '3': 3, '4': 4}
它同樣適用于**kwargs(在 Python 3.6+版本中):它們的順序就像參數中顯示的那樣。當設計數據流程時,順序至關重要,以前,我們必須以這樣繁瑣的方式來編寫:
from torch import nn # Python 2 model = nn.Sequential(OrderedDict([ ('conv1', nn.Conv2d(1,20,5)), ('relu1', nn.ReLU()), ('conv2', nn.Conv2d(20,64,5)), ('relu2', nn.ReLU()) ])) # Python 3.6+, how it *can* be done, not supported right now in pytorch model = nn.Sequential( conv1=nn.Conv2d(1,20,5), relu1=nn.ReLU(), conv2=nn.Conv2d(20,64,5), relu2=nn.ReLU()) )
注意到了嗎?名稱的唯一性也會被自動檢查。
迭代地拆封
# handy when amount of additional stored info may vary between experiments, but the same code can be used in all cases model_paramteres, optimizer_parameters, *other_params = load(checkpoint_name) # picking two last values from a sequence *prev, next_to_last, last = values_history # This also works with any iterables, so if you have a function that yields e.g. qualities, # below is a simple way to take only last two values from a list *prev, next_to_last, last = iter_train(args)
默認的 pickle 引擎為數組提供更好的壓縮
# Python 2 import cPickle as pickle import numpy print len(pickle.dumps(numpy.random.normal(size=[1000, 1000]))) # result: 23691675 # Python 3 import pickle import numpy len(pickle.dumps(numpy.random.normal(size=[1000, 1000]))) # result: 8000162
節省 3 倍空間,而且速度更快。實際上,類似的壓縮(不過與速度無關)可以通過 protocol=2 參數來實現,但是用戶通常會忽略這個選項(或者根本不知道)。
更安全的解析
labels = <initial_value> predictions = [model.predict(data) for data, labels in dataset] # labels are overwritten in Python 2 # labels are not affected by comprehension in Python 3
關于 super()
Python 2 的 super(...)是代碼錯誤中的常見原因。
# Python 2 class MySubClass(MySuperClass): def __init__(self, name, **options): super(MySubClass, self).__init__(name='subclass', **options) # Python 3 class MySubClass(MySuperClass): def __init__(self, name, **options): super().__init__(name='subclass', **options)
關于 super 和方法解析順序的更多內容,參見 stackoverflow:
https://stackoverflow.com/questions/576169/understanding-python-super-with-init-methods
更好的 IDE 會給出變量注釋
在使用 Java、C# 等語言編程的過程中最令人享受的事情是 IDE 可以提供非常好的建議,因為在執行代碼之前,所有標識符的類型都是已知的。
而在 Python 中這很難實現,但是注釋可以幫助你:
以清晰的形式寫下你的期望
從 IDE 獲取良好的建議
這是一個帶變量注釋的 PyCharm 示例。即使你使用的函數不帶注釋(例如,由于向后兼容性),它也能工作。
多種拆封(unpacking)
在 Python3 中融合兩個字典的代碼示例:
x = dict(a=1, b=2) y = dict(b=3, d=4) # Python 3.5+ z = {**x, **y} # z = {'a': 1, 'b': 3, 'd': 4}, note that value for `b` is taken from the latter dict.
可以在這個鏈接中查看 Python2 中的代碼對比:https://stackoverflow.com/questions/38987/how-to-merge-two-
dictionaries-in-a-single-expression
aame 方法對于列表(list)、元組(tuple)和集合(set)都是有效的(a、b、c 是任意的可迭代對象):
[*a, *b, *c] # list, concatenating (*a, *b, *c) # tuple, concatenating {*a, *b, *c} # set, union
對于*args 和 **kwargs,函數也支持額外的 unpacking:
Python 3.5+ do_something(**{**default_settings, **custom_settings}) # Also possible, this code also checks there is no intersection between keys of dictionaries do_something(**first_args, **second_args)
只帶關鍵字參數的 API
我們考慮這個代碼片段:
model = sklearn.svm.SVC(2, 'poly', 2, 4, 0.5)
很明顯,代碼的作者還沒熟悉 Python 的代碼風格(很可能剛從 cpp 和 rust 跳到 Python)。不幸的是,這不僅僅是個人偏好的問題,因為在 SVC 中改變參數的順序(adding/deleting)會使得代碼無效。特別是,sklearn 經常會重排序或重命名大量的算法參數以提供一致的 API。每次重構都可能使代碼失效。
在 Python3,庫的編寫者可能需要使用*以明確地命名參數:
class SVC(BaseSVC): def __init__(self, *, C=1.0, kernel='rbf', degree=3, gamma='auto', coef0=0.0, ... )
現在,用戶需要明確規定參數 sklearn.svm.SVC(C=2, kernel='poly', degree=2, gamma=4, coef0=0.5)
的命名。
這種機制使得 API 同時具備了可靠性和靈活性。
小調:math 模塊中的常量
# Python 3 math.inf # 'largest' number math.nan # not a number max_quality = -math.inf # no more magic initial values! for model in trained_models: max_quality = max(max_quality, compute_quality(model, data)
小調:單精度整數類型
Python 2 提供了兩個基本的整數類型,即 int(64 位符號整數)和用于長時間計算的 long(在 C++變的相當莫名其妙)。
Python 3 有一個單精度類型的 int,它包含了長時間的運算。
下面是查看值是否是整數的方法:
isinstance(x, numbers.Integral) # Python 2, the canonical way isinstance(x, (long, int)) # Python 2 isinstance(x, int) # Python 3, easier to remember
其他
Enums 有理論價值,但是 字符串輸入已廣泛應用在 python 數據棧中。 Enums 似乎不與 numpy 交互,并且不一定來自 pandas。
協同程序也非常有希望用于數據流程,但還沒有出現大規模應用。
Python 3 有穩定的 ABI
Python 3 支持 unicode(因此ω = Δφ / Δt 也 okay),但你最好使用好的舊的 ASCII 名稱
一些庫比如 jupyterhub(jupyter in cloud)、django 和新版 ipython 只支持 Python 3,因此對你來講沒用的功能對于你可能只想使用一次的庫很有用。
數據科學特有的代碼遷移問題(以及如何解決它們)
停止對嵌套參數的支持:
map(lambda x, (y, z): x, z, dict.items())
然而,它依然完美適用于不同的理解:
{x:z for x, (y, z) in d.items()}
通常,理解在 Python 2 和 3 之間可以更好地「翻譯」。
map(), .keys(), .values(), .items(), 等等返回迭代器,而不是列表。迭代器的主要問題有: 沒有瑣碎的分割和 無法迭代兩次。 將結果轉化為列表幾乎可以解決所有問題。
遇到問題請參見 Python 問答:我如何移植到 Python 3?(https://eev.ee/blog/2016/07/31/python-faq-how-do-i-port-to-python-3/)
用 python 教機器學習和數據科學的主要問題
課程作者應該首先花時間解釋什么是迭代器,為什么它不能像字符串那樣被分片/級聯/相乘/迭代兩次(以及如何處理它)。
我相信大多數課程作者很高興避開這些細節,但是現在幾乎不可能。
結論
Python 2 與 Python 3 共存了近 10 年,時至今日,我們必須要說:是時候轉向 Python 3 了。
研究和生產代碼應該更短,更易讀取,并且在遷移到 Python 3 代碼庫之后明顯更加的安全。
現在大多數庫同時支持 2.x 和 3.x 兩個版本。但我們不應等到流行工具包開始停止支持 Python 2 才開始行動,提前享受新語言的功能吧。
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