在APKTool中處理Android應用的簽名問題，可以按照以下步驟進行：
apktool d your_app.apk -r -o output_folder
反編譯完成后，對應用進行修改或定制。
在重新編譯應用之前，需要重新簽名應用。可以使用以下命令來重新簽名應用：
apktool b output_folder -o new_app_unsigned.apk
jarsigner -keystore your_keystore.keystore -storepass your_password new_app_unsigned.apk alias_name
zipalign -v 4 new_app_unsigned.apk new_app_aligned.apk
通過以上步驟，您可以在APKTool中處理Android應用的簽名問題，并成功重新簽名應用。
