在PHP中，使用mkdir()函數創建目錄的最佳實踐包括以下幾點：

1. 檢查目錄是否已存在：在嘗試創建目錄之前，最好先檢查該目錄是否已經存在。這可以通過file_exists()函數來實現。如果目錄不存在，再使用mkdir()函數創建它。
2. 設置合適的權限：為創建的目錄設置合適的權限非常重要。通常，你應該給予目錄足夠的權限以允許Web服務器用戶（如www-data）讀取和寫入該目錄。你可以使用chmod()函數來設置目錄權限。
3. 使用絕對路徑：在創建目錄時，最好使用絕對路徑而不是相對路徑。這可以確保無論你的腳本在何處運行，都能正確地找到并創建目錄。
4. 錯誤處理：使用mkdir()函數時，應該檢查其返回值以確定操作是否成功。如果創建目錄失敗，你可以記錄錯誤消息并采取適當的措施。
5. 遞歸創建目錄：如果你需要創建一個多級目錄結構，可以使用mkdir()函數的第二個和第三個參數來實現遞歸創建。這將確保所有必要的父目錄都被創建。

下面是一個簡單的示例，演示了如何在PHP中使用mkdir()函數創建目錄：

<?php
// 設置要創建的目錄的絕對路徑
$directoryPath = '/path/to/your/directory';

// 檢查目錄是否已存在
if (!file_exists($directoryPath)) {
    // 創建目錄，并設置合適的權限（例如755）
    if (mkdir($directoryPath, 0755, true)) {
        echo "Directory created successfully.";
    } else {
        // 記錄錯誤消息
        error_log("Failed to create directory: " . $directoryPath);
        echo "Failed to create directory.";
    }
} else {
    echo "Directory already exists.";
}
?>

請注意，上述示例中的路徑應該根據你的實際需求進行更改。此外，根據你的服務器配置和安全要求，你可能需要調整目錄權限。