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PHPDocumentor文檔化的最佳時機是在項目開發的早期階段就開始進行。通過在代碼編寫過程中及時添加文檔注釋，可以幫助開發人員更好地理解代碼的功能和結構，提高團隊協作效率。此外，隨著項目規模的增大，文檔化工作也會變得更加繁瑣，因此在項目初期就進行文檔化可以節省時間和精力。最好的做法是將文檔化作為開發過程的一部分，持續進行更新和維護。
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