Linux下命令的一些異常情況

命令不全：在命令沒有輸入完 (引號或括號沒有配對)，就不小心按下了Enter鍵，終端會提示出一個>代表命令不完整，這是可以繼續輸入，也可以ctrl+c終止輸入，重新再來。(下面sed命令使用時，還有另外一種命令不全的問題)

ct@ehbio:~/ehbio_project$ rename 'ehbio2>'ct@ehbio:~/ehbio_project$ rename 'ehbio2> ^Cct@ehbio:~/ehbio_project$

文件名輸入錯誤: 多一個字母、少一個字母、大小寫問題

ct@ehbio:~/ehbio_project$lsehbio2.fa  ehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio.fa  second.fa# 重命名沒有生效ct@ehbio:~/ehbio_project$ rename 'ehbio2' 'ehbio5' ebio2.fact@ehbio:~/ehbio_project$ lsehbio2.fa  ehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio.fa  second.fa# 仔細看是ehbio2.fa寫成了ebio2.fa，更正后即可。Z8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~/ehbio_project$ rename 'ehbio2' 'ehbio5' ehbio2.fact@ehbio:~/ehbio_project$ lsehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio5.fa  ehbio.fa  second.fa

所在目錄不對: 訪問的文件不存在于當前目錄，而又沒有提供絕對路徑, 或軟連接失效

ct@ehbio:~/ehbio_project$ lsehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio5.fa  ehbio6.fa  ehbio.fa  second.fact@ehbio:~/ehbio_project$ ls ../dataehbio2.fa  first.fa# 當前目錄沒有ehbio2.fact@ehbio:~/ehbio_project$ less ehbio2.faehbio2.fa: 沒有那個文件或目錄# ehbio2.fa在上一層目錄的data目錄下ct@ehbio:~/ehbio_project$ ls ../data/ehbio2.fa../data/ehbio2.fa# 加上路徑依然訪問不了ct@ehbio:~/ehbio_project$ less ../data/ehbio2.fa../data/ehbio2.fa: 沒有那個文件或目錄# 上面的問題是軟連接失效，在之前的操作中刪掉了原始的ehbio2.fa，所以快捷方式失效# 正確的訪問ct@ehbio:~/ehbio_project$ tail -n 3 ../data/first.faACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGCCAGGACAGGAGCTAend

Linux終端常用快捷操作

• 命令或文件名自動補全：在輸入命令或文件名的前幾個字母后，按Tab鍵，系統會自動補全或提示補全
• 上下箭頭：使用上下箭頭可以回溯之前的命令，增加命令的重用，減少輸入工作量
• !加之前輸入過的命令的前幾個字母，快速獲取前面的命令

ct@ehbio:~/ehbio_project$ cut -f 1 -d ' ' ehbio.fa | tail -n 4>mYCACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGCCAGGACAGGAGCTAendct@ehbio:~/ehbio_project$ man cut# 直接跳到上面運行的cut命令，再執行一次ct@ehbio:~/ehbio_project$ !cutcut -f 1 -d ' ' ehbio.fa | tail -n 4>mYCACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGCCAGGACAGGAGCTAend

• ctrl+a回到命令的行首，用于修改常命令或注釋掉命令

# 寫完下面的命令，突然不想運行了，又不想一個個刪掉ct@ehbio:~/ehbio_project$ cut -f 1 -d ' ' ehbio.fa | tail -n 4# 按ctrl+a, 回到行首，再輸入`#`號，回車，命令即被注釋掉。ct@ehbio:~/ehbio_project$ #cut -f 1 -d ' ' ehbio.fa | tail -n 4

• !! 表示上一條命令。

ct@ehbio:~/ehbio_project$ lsehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio5.fa  ehbio6.fa  ehbio.fa  second.fact@ehbio:~/ehbio_project$ !!lsehbio3.fa  ehbio4.fa  ehbio5.fa  ehbio6.fa  ehbio.fa  second.fa

• 替換上一個命令中的字符，再運行一遍命令，用于需要對多個文件執行同樣的命令，又不想寫循環的情況

# 輸入一個命令ct@ehbio:~/ehbio_project$ #cut -f 1 -d ' ' ehbio.fa | tail -n 4# !!表示上一條命令# :gs表示替換，把上一個命令中全部的ehbio替換為ehbio3; g: global; s: substitutect@ehbio:~/ehbio_project$ !!:gs/ehbio/ehbio3#cut -f 1 -d ' ' ehbio3.fa | tail -n 4# 替換后效果如上# 去掉命令前的#號ct@ehbio:~/ehbio_project$ cut -f 1 -d ' ' ehbio3.fa | tail -n 4>mYCACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGCCAGGACAGGAGCTAend## 替換ehbio3為ehbio4，直接運行命令ct@ehbio:~/ehbio_project$ !!:gs/ehbio3/ehbio4cut -f 1 -d ' ' ehbio4.fa | tail -n 4>mYCACGGAGCGAGCTAGTGCAGCGAGGAGCTGAGTCGAGCCAGGACAGGAGCTAend