HISAT2如何使用

這篇“HISAT2如何使用”文章的知識點大部分人都不太理解，所以小編給大家總結了以下內容，內容詳細，步驟清晰，具有一定的借鑒價值，希望大家閱讀完這篇文章能有所收獲，下面我們一起來看看這篇“HISAT2如何使用”文章吧。

轉錄組比對軟件HISAT2的使用說明

轉錄組分析的常用分析流程，目前都由Hophat + cufflinks 組合轉向了 采用HISTA + StringTie 組合。該組合的Protocol 可參考發表在Nature Protocol 上的文章“Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown”

首先來看看比對的軟件HISTA，其速度和精度都較Tophat 有很大的提升。

其使用說明如下：

  hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <sam>]

  <ht2-idx>  Index 文件的前綴 (*.X.ht2)

  <m1>       read1 文件 (支持gz,bzip2壓縮格式)

  <m2>       read2 文件 (支持gz,bzip2壓縮格式)

  <r>        輸出 unpaired 比對序列（支持gz,bzip2壓縮格式）

  <SRA accession number>  支持對NCBI SRA數據的下載，采用逗號分隔不同SRA號

  <sam>      比對結果SAM 文件的輸出 (默認: 標準輸出)

  <m1>, <m2>, <r>  支持輸入一個用逗號隔開的文件列表，也支持多次輸入  比如： '-U file1.fq,file2.fq -U file3.fq'.

選項 (括號中是默認值):

 輸入:

  -q                 輸入文件格式是FASTQ  .fq/.fastq (default)

  --qseq             q輸入文件格式是 Illumina's qseq format

  -f                 輸入文件格式是多序列的FASTA .fa/.mfa

  -r                 輸入是一行序列

  -c                 <m1>, <m2>, <r> are sequences themselves, not files

  -s/--skip <int>    跳過輸入文件前面的 <int> reads/pairs  (none)

  -u/--upto <int>    超過輸入文件前面的 <int> reads/pairs 就停止程序(no limit)

  -5/--trim5 <int>   去除Reads 5'/左邊  <int> 堿基 (0)

  -3/--trim3 <int>   去除Reads 3'/r右邊 <int> 堿基 (0)

  --phred33          序列質量值編碼是 Phred+33 (默認編碼格式)

  --phred64          序列質量值編碼是Phred+64

  --int-quals        序列質量值是用空格分開的數字

  --sra-acc          SRA 登錄號

比對:

  --n-ceil <func>    允許非A/C/G/Ts 在比對中的比例 (L,0,0.15)

  --ignore-quals     如果忽略測序質量值，則默認質量值為30  (off)

  --nofw             不比對正向的reads (off)

  --norc             不比對反向互補的reads (off)

 剪切比對:

  --pen-cansplice <int>              正常剪切位點的罰分 (0)

  --pen-noncansplice <int>           非正常剪切位點的罰分 (12)

  --pen-canintronlen <func>          長內含子正常剪切位點的罰分函數 (G,-8,1) 

  --pen-noncanintronlen <func>       長內含子非正常剪切位點的罰分函數 (G,-8,1) 

  --min-intronlen <int>              內含子最小長度 (20)

  --max-intronlen <int>              內含子最大長度 (500000)

  --known-splicesite-infile <path>   指定已知的剪切位點文件

  --novel-splicesite-outfile <path>  發現（報告）新的剪切位點

  --novel-splicesite-infile <path>   指定一些新的可變剪切位點 

  --no-temp-splicesite               disable the use of splice sites found

  --no-spliced-alignment             停用剪切比對

  --rna-strandness <string>          只能RNA的連特異性 (unstranded)

  --tmo                              只報告與已知的轉錄本比對上的reads

  --dta                              報告專門為轉錄本組裝的比對reads

  --dta-cufflinks                    報告專門為cufflinks組裝的比對reads

 打分:

  --ma <int>         匹配得分 (0 for --end-to-end, 2 for --local)

  --mp <int>,<int>   位點錯誤匹配的最大和最小罰分，低質量，低罰分 <2,6>

  --sp <int>,<int>   max and min penalties for soft-clipping; lower qual = lower penalty <1,2>

  --np <int>         非A/C/G/Ts 匹配的罰分 (1)

  --rdg <int>,<int>  read 空格開放和延伸的罰分(5,3)

  --rfg <int>,<int>  參考序列空格開放和延伸的罰分 (5,3)

  --score-min <func> 最小可接受的比對打分 (L,0.0,-0.2)

 比對報告輸出:

  (default)          多對比結果，只報告最好的比對

   OR

  -k <int>           多比對結果，最多可報告的比對數量

   OR

  -a/--all           報告全部對比對結果

 雙端比對:

  --fr/--rf/--ff     reads 比對的方向 fw/rev, rev/fw, fw/fw (--fr)

  --no-mixed         不做非配對的reads 比對

  --no-discordant    比做距離不一致的reads 比對

 輸出:

  -t/--time          輸出在搜索過程中的使用的時間情況

  --un <path>           未比對上的reads 輸出路徑 <path>

  --al <path>           一端比對上的reads 輸出路徑 <path>

  --un-conc <path>      比對位置不一致的reads 輸出路徑 <path>

  --al-conc <path>      至少有一個位置比對一致的reads 輸出路徑 <path>

  --un-gz <path>, to gzip compress output, or add '-bz2' to bzip2 compress output.)

  --quiet            除非有嚴重錯誤，否則不打印錯誤輸出

  --met-file <path>  保存metrics 到文件 <path> (off)

  --met-stderr       打印metrics 大標準錯誤輸出 (off)

  --met <int>        多少秒報告一次內部 counters 和 metrics  (1)

  --no-head          在SAM文件中不輸出head信息

  --no-sq            在SAM文件中不輸出head的@SQ 信息

  --rg-id <text>     設置reads ID信息

  --rg <text>        增加reads 分組信息             

  --omit-sec-seq     put '*' in SEQ and QUAL fields for secondary alignments.

 性能:

  -o/--offrate <int> 覆蓋index的offrate

  -p/--threads <int> 比對的線程數 (1)

  --reorder          強制保持輸出SAM文件中reads的順序同輸入的reads一致

  --mm               通過內存共享index, 使得多個bowtie能共享

 其他:

  --qc-filter        過濾質量值低的reads

  --seed <int>       生成隨機數的seed(種子) (0)

  --non-deterministic 隨機數生成采用種子（seed) 代替reads的屬性 

  --remove-chrname   在比對結果中刪除參考序列名稱上的'chr' 

  --add-chrname      在比對結果中給參考序列名稱加上 'chr' 

  --version          輸出軟件的版本信息

  -h/--help          輸出軟件的使用文檔

以上就是關于“HISAT2如何使用”這篇文章的內容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內容對大家有幫助，若想了解更多相關的知識內容，請關注億速云行業資訊頻道。