linux系統怎么安裝pennCNV軟件

本篇內容介紹了“linux系統怎么安裝pennCNV軟件”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！

pennCNV主要用于芯片數據分析CNV軟件

PennCNV安裝

wget https://github.com/WGLab/PennCNV/archive/v1.0.4.tar.gz
tar xvfz v1.0.4.tar.gz

cd kext/
make

但是會報錯：

gcc `perl -MExtUtils::Embed -e ccopts` -fPIC   -c -o khmm_wrap.o khmm_wrap.c
khmm_wrap.c: In function ‘SWIG_AsCharPtrAndSize’:
khmm_wrap.c:1576: error: ‘bool’ undeclared (first use in this function)
khmm_wrap.c:1576: error: (Each undeclared identifier is reported only once
khmm_wrap.c:1576: error: for each function it appears in.)
khmm_wrap.c:1576: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c: In function ‘_wrap_estHMMFromFile_CHMM’:
khmm_wrap.c:1875: error: ‘bool’ undeclared (first use in this function)
khmm_wrap.c:1875: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:1875: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:1890: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:1890: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:1905: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:1905: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c: In function ‘_wrap_testVit_CHMM’:
khmm_wrap.c:2005: error: ‘bool’ undeclared (first use in this function)
khmm_wrap.c:2005: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2005: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c: In function ‘_wrap_GetStateProb_CHMM’:
khmm_wrap.c:2137: error: ‘bool’ undeclared (first use in this function)
khmm_wrap.c:2137: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2137: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c: In function ‘_wrap_testVitTrio_CHMM’:
khmm_wrap.c:2325: error: ‘bool’ undeclared (first use in this function)
khmm_wrap.c:2325: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2325: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c: In function ‘_wrap_reg_linear’:
khmm_wrap.c:2443: error: ‘bool’ undeclared (first use in this function)
khmm_wrap.c:2443: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2443: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2458: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2458: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2473: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2473: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2488: error: expected ‘:’ before numeric constant
khmm_wrap.c:2488: error: expected ‘:’ before numeric constant
make: *** [khmm_wrap.o] Error 1

解決辦法：

sed -i -e '/#undef bool/d' khmm_wrap.c

然后：

make clean
make

還是報錯：

gcc `perl -MExtUtils::Embed -e ccopts` -fPIC   -c -o khmm_wrap.o khmm_wrap.c
gcc `perl -MExtUtils::Embed -e ccopts` -fPIC   -c -o khmm.o khmm.c
gcc `perl -MExtUtils::Embed -e ccopts` -fPIC   -c -o kc.o kc.c
gcc `perl -MExtUtils::Embed -e ccopts` -fPIC   -c -o khmmDev.o khmmDev.c
gcc -shared -o khmm.so khmm_wrap.o khmm.o kc.o khmmDev.o `perl -MExtUtils::Embed -e ldopts`
/usr/bin/ld: /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/5.22.1/x86_64-linux-thread-multi/CORE/libperl.a(op.o): relocation R_X86_64_32 against `PL_op_mutex' can not be used when making a shared object; recompile with -fPIC
/share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/5.22.1/x86_64-linux-thread-multi/CORE/libperl.a: could not read symbols: Bad value
collect2: ld returned 1 exit status
make: *** [khmm.so] Error 1

本人谷歌和查找說明文檔，說GCC必須是4版本，而且perl版本要低于5.14.2:，于是安裝低版本perl：

wget https://www.cpan.org/src/5.0/perl-5.14.2.tar.gztar xvfz perl-5.14.2.tar.gz
cd perl-5.14.2
./Configure -des -Dprefix=/share/work/perl/perl-v5.14.2 -Accflags='-fPIC'make
make install

然后再把這個版本的perl添加到PATH的開頭就可以，順利make 安裝成功了。

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