linux下samtools如何安裝

這篇文章給大家分享的是有關linux下samtools如何安裝的內容。小編覺得挺實用的，因此分享給大家做個參考，一起跟隨小編過來看看吧。

linux下samtools安裝指南

序列比對（將測序reads與已知序列信息的基因或基因組進行比對）是高通量測序數據分析中最重要的一環，無論是轉錄組還是重測序都是基于比對結果來進行后續各項分析的，比對結果格式比較常見的是sam和bam文件，例如轉錄組Tophat分析軟件輸出的比對結果為.bam文件，而重測序中BWA、bowtie等比對軟件則主要輸出為.sam文件。

samtools是一個用于操作sam和bam文件的工具軟件，能夠對比對文件進行二進制查看、格式轉換、排序及合并等，結合sam格式中的flag、tag等信息，還可以完成比對結果的統計匯總，是處理sam和bam文件不可或缺的神器！

最近小編也在學習使用這款軟件，但安裝時卻遇到了很大麻煩；由于安裝前沒有仔細查看安裝文檔，而是下載后直接就開始安裝了，安裝時一直報錯，才發現samtools是依賴很多包的，所以小編在這里整理了一下安裝步驟，也好方便大家安裝。

首先看一下samtools需要安裝哪些庫或是包：

可以看到需要的包還是挺多的。沒關系，我們一個一個安裝即可。（小編將軟件安在根目錄下的biosoft目錄。其中包或者庫都是默認安裝的，需要root權限，只有samtools是安裝在/biosoft/samtools/samtools-v1.9下。）

zlib庫安裝

下載并解壓：

mkdir /biosoft/zlib
cd /biosoft/zlib
curl -O http://www.zlib.net/zlib-1.2.11.tar.gz
tar xvfz zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11

進入解壓后的zlib目錄，執行以下命令安裝zlib

./configure
make 
make check
make install

在make install這一步，由于要把zlib安裝到/usr/local/lib 路徑下，所以可能需要root 權限。安裝成功后，可以在/usr/local/lib下找到 libz.a。zlib安裝較為簡單，通常可以順利的安裝成功。

curses庫安裝

接下來要安裝curses庫，這里可以使用命令直接安裝。

首先查看curses相關的安裝包：

yum search curses

搜索結果如下圖所示：

找到這個安裝文件ncurses-devel.x86_64，安裝即可：

yum -y install ncurses-devel.x86_64

htslib包安裝

再之后需要安裝htslib包。

下載：

mkdir /biosoft/htslib
cd /biosoft/htslib
wget https://github.com/samtools/htslib/archive/develop.zip

解壓:

unzip develop.zip
cd htslib-develop

安裝指令： 

autoconf       #Generate the configure script, if needed
./configure    #Optional, needed for choosing optional functionality
make
make install

在./configure過程中可能會報錯，原因是有些庫或包沒安裝，根據報錯信息提示的將缺失包安裝即可。全部使用yum安裝，以bzip2為例，系統提示缺失該庫，yum search bzip2搜索相關安裝包，如下：

yum search  bzip2

在搜索結果中選擇devel.x86_64結尾的文件進行安裝，該安裝包包含庫的所有文件，如頭文件等，而其余安裝包只包含部分文件。

yum –y install bzip2-devel.x86_64

安裝完成后，再./configure一次，如果提示缺少庫或包，按照前面方法安裝即可，直到全部安裝成功，然后進行編譯。

make

make install

samtools安裝

最后就可以安裝samtools了，samtools官網地址：https://github.com/samtools/samtools

下載并解壓：

mkdir /biosoft/samtools
cd /biosoft/samtools
wget https://github.com/samtools/samtools/archive/develop.zip
unzip develop.zip
mkdir samtools-v1.9
cd samtools-develop

編譯安裝：

autoheader            # Build config.h.in (this may generate a warning about                                               # AC_CONFIG_SUBDIRS - please ignore it). 
autoconf -Wno-syntax  # Generate the configure script 
./configure --prefix=/biosoft/samtools/samtools-v1.9   # --prefix 添加安裝路徑
make 
make install

由于之前的準備工作都做完了，所以這時候安裝samtools就會很順利了，小編也沒有再遇到任何的報錯信息。到這里samtools的安裝就完成了。

感謝各位的閱讀！關于“linux下samtools如何安裝”這篇文章就分享到這里了，希望以上內容可以對大家有一定的幫助，讓大家可以學到更多知識，如果覺得文章不錯，可以把它分享出去讓更多的人看到吧！