bedtools如何批量提取基因組指定位置序列

小編給大家分享一下bedtools如何批量提取基因組指定位置序列，相信大部分人都還不怎么了解，因此分享這篇文章給大家參考一下，希望大家閱讀完這篇文章后大有收獲，下面讓我們一起去了解一下吧！

用到軟件是bedtools，具體方法如下：

Usage:   bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <fasta> -bed <bed/gff/vcf>
Options:
        -fi     Input FASTA file
        -bed    BED/GFF/VCF file of ranges to extract from -fi
        -name   Use the name field for the FASTA header
        -split  given BED12 fmt., extract and concatenate the sequencesfrom the BED "blocks" (e.g., exons)
        -tab    Write output in TAB delimited format.
                - Default is FASTA format.
        -s      Force strandedness. If the feature occupies the antisense,
                strand, the sequence will be reverse complemented.
                - By default, strand information is ignored.
        -fullHeader     Use full fasta header.
                - By default, only the word before the first space or tab is used.

其中-fi 指定基因組fasta文件，-bed 指定要提取序列的位置文件，可以是bed、gff 或 vcf 文件（染色體堿基位置從0開始計數）。

-tab 指定輸出格式。

$bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed
>CM004359.1:0-10
gtttagggtt
>CM004359.1:100-200
ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggttt
>CM004359.1:1000-1050
TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT
$bedtools getfasta -fi GCA_001651475.1_Ler_Assembly_genomic.fna -bed id.bed -tab
CM004359.1:0-10 gtttagggtt
CM004359.1:100-200      ttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggtttagggttt
CM004359.1:1000-1050    TTGTGGgaaaattatttagttgtaGGGATGAAGTCTTTCTTCGTTGTTGT

以上是“bedtools如何批量提取基因組指定位置序列”這篇文章的所有內容，感謝各位的閱讀！相信大家都有了一定的了解，希望分享的內容對大家有所幫助，如果還想學習更多知識，歡迎關注億速云行業資訊頻道！