溫馨提示×
您好，登錄后才能下訂單哦！
點擊 登錄注冊 即表示同意《億速云用戶服務條款》
您好，登錄后才能下訂單哦！
這篇“R語言怎么安裝芯片原始數據標準化的包”文章的知識點大部分人都不太理解，所以小編給大家總結了以下內容，內容詳細，步驟清晰，具有一定的借鑒價值，希望大家閱讀完這篇文章能有所收獲，下面我們一起來看看這篇“R語言怎么安裝芯片原始數據標準化的包”文章吧。
芯片原始數據下載后進行質控標準化除了基于相關的軟件外，也可以利用bioconductor的幾個包，不過需要注意介于R版本的問題，包的安裝基于install.packages可能安裝不成功。
具體安裝方法最好去網站查找R包和對應R版本，新老版本的R差別可能會很大。
下面基于R version 3.5.1下面基于列舉幾個芯片原始數據質控標準化的包
1、affy 針對affymetrix 芯片CEL文件進行分析標準化，標準化算法RMA、 MAS5，可以分別對應rma和mas5兩個函數直接對affybatch操作，獲得標準化后的數據
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("affy", version = "3.8")2、lumi 可以對Illumina microarray為標準化的數據進行預處理
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("lumi", version = "3.8")Illumina beadarray 還可以基于beadarray包進行預處理
3、limma除進行芯片數據差異表達篩選外，也可以進行芯片數據標準化處理，包括agilent芯片
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma", version = "3.8")以上就是關于“R語言怎么安裝芯片原始數據標準化的包”這篇文章的內容，相信大家都有了一定的了解，希望小編分享的內容對大家有幫助，若想了解更多相關的知識內容，請關注億速云行業資訊頻道。
免責聲明：本站發布的內容（圖片、視頻和文字）以原創、轉載和分享為主，文章觀點不代表本網站立場，如果涉及侵權請聯系站長郵箱：is@yisu.com進行舉報，并提供相關證據，一經查實，將立刻刪除涉嫌侵權內容。
