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如何采用biopython計算蛋白質的等電點

發布時間:2022-03-19 11:26:14 來源:億速云 閱讀:323 作者:小新 欄目:開發技術

小編給大家分享一下如何采用biopython計算蛋白質的等電點,希望大家閱讀完這篇文章之后都有所收獲,下面讓我們一起去探討吧!

采用biopython 計算蛋白質的等電點

最近在做一些蛋白質組的項目,項目中需要計算蛋白質的等電點。網絡上有很多網站能提供相應計算服務,但是都是針對單條蛋白質序列進行計算,而我需要計算蛋白質組中所有蛋白序列的等電點。采用Bioython中的幾個函數進行計算,代碼如下:

from Bio.SeqUtils.ProtParam import ProteinAnalysis
from Bio import SeqIO
# 指定蛋白序列的fasta文件
protein_file = "protein.fasta"
# 遍歷每一條蛋白序列,計算等電點
for seq_record in SeqIO.parse(protein_file, "fasta"):
    p = ProteinAnalysis(str(seq_record.seq))
    # 等電點的計算函數是:isoelectric_point
    print(seq_record.id + '\t' + str(p.isoelectric_point()))

看完了這篇文章,相信你對“如何采用biopython計算蛋白質的等電點”有了一定的了解,如果想了解更多相關知識,歡迎關注億速云行業資訊頻道,感謝各位的閱讀!

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