如何合并不同sample的vcf文件

本篇內容介紹了“如何合并不同sample的vcf文件”的有關知識，在實際案例的操作過程中，不少人都會遇到這樣的困境，接下來就讓小編帶領大家學習一下如何處理這些情況吧！希望大家仔細閱讀，能夠學有所成！

通過GATK calling出來的SNP如果使用UnifiedGenotype獲得的SNP文件是分sample的，但是如果使用vcftools或者ANGSD則需要Vcf文件是multi-sample的，這里就需要我們將不同samples的文件進行合并，可以通過vcftools的perl模塊進行，但是這種方式對perl的要求較高，且操作比較復雜，這里我們選擇使用Bcftools，操作簡便。

分三步：

1. 將vcf進行壓縮，批量壓縮的方法：

bgzip -c -f -@ 10 merge.vcf > merge.vcf.gz-c, --stdout            write on standard output, keep original files unchanged-f, --force             overwrite files without asking-@, --threads INT       number of compression threads to use [1]

2. 對生成的vcf.gz進行index：

bcftools index [options] <in.bcf>|<in.vcf.gz>

-t, --tbi            generate TBI-format index for VCF files

3.合并操作：

bcftools merge [options] <A.vcf.gz> <B.vcf.gz> [...]-m, --merge <string>               allow multiallelic records for <snps|indels|both|all|none|id>, see man page for details [both]-o, --output <file>                write output to a file [standard output]-O, --output-type <b|u|z|v>        'b' compressed BCF; 'u' uncompressed BCF; 'z' compressed VCF; 'v' uncompressed VCF [v]-l, --file-list <file>             read file names from the file

“如何合并不同sample的vcf文件”的內容就介紹到這里了，感謝大家的閱讀。如果想了解更多行業相關的知識可以關注億速云網站，小編將為大家輸出更多高質量的實用文章！