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本篇內容主要講解“怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線”，感興趣的朋友不妨來看看。本文介紹的方法操作簡單快捷，實用性強。下面就讓小編來帶大家學習“怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線”吧!
vegan 包是進行群落數據分析最常用的R包，其中的 specaccum 函數用來計算物種的累計曲線。
輸入數據，otutable：列表示不同的物種，行表示不同的采樣點，中間的數字代表物種豐度：
require(vegan)
otu <- read.table("otu_table.txt", header = T,
sep = "\t",row.names=1)
all <- specaccum(otu, method = "random")
png(file="spe.png",h=2000,w=2000,res=300)
plot(all, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0,
ci.col = "lightblue", main = "Species Accumulation Curves", xlab = "Number of samples",
ylab = "Number of species")
boxplot(all, col = "yellow", add = TRUE, pch = "+")
dev.off()最終的物種累計曲線中，橫坐標是樣本個數，縱坐標是發現的物種個數，隨著樣本個數的增加，發現的物種個數也不斷增加；物種累計曲線反應的就是抽樣個數對物種多樣性的影響；如果曲線末端部分呈現 急劇上升的趨勢，表明抽樣量不足；增加樣本量，還能繼續發現新的物種；當曲線末端上升趨勢趨于平緩時，則表明采樣量足夠。
到此，相信大家對“怎么用R語言的vegan包計算物種累計曲線”有了更深的了解，不妨來實際操作一番吧！這里是億速云網站，更多相關內容可以進入相關頻道進行查詢，關注我們，繼續學習！
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