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blast如何批量注釋輸出結果指定需要的列信息

發布時間:2022-03-21 10:37:11 來源:億速云 閱讀:435 作者:iii 欄目:開發技術

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blast批量注釋輸出結果指定需要的列信息

makeblastdb -in PlantTFDB-all_TF_pep.fas  -dbtype prot -title PlantTFDB-all_TF_pep.fas
#提取基因列表對應的蛋白序列:
python $scriptdir/get_fa_by_id.py  -i ../7.all_enrich/gene.list \
  -f ../7.all_enrich/pep.fa -p query
#轉錄因子blastp注釋
blastp -query query.fa -db Ath_pep.fas  -max_hsps 1  \
  -num_alignments 1 -evalue 1e-5 -num_threads 2   \
  -outfmt "6 qseqid sseqid qlen slen pident length  mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs stitle"\
  -out tf.blast.out

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