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R語言怎么實現模擬表型數據

發布時間:2022-03-21 10:11:14 來源:億速云 閱讀:287 作者:iii 欄目:開發技術

這篇“R語言怎么實現模擬表型數據”文章的知識點大部分人都不太理解,所以小編給大家總結了以下內容,內容詳細,步驟清晰,具有一定的借鑒價值,希望大家閱讀完這篇文章能有所收獲,下面我們一起來看看這篇“R語言怎么實現模擬表型數據”文章吧。

GWAS根據遺傳率和QTL的數量產出模擬表型數據

#Read Soybean
Genotype data file
D<-read.big.matrix("GN.txt", type="char", sep="\t",head = TRUE)
dim(D)
D=D[,2:31261]
D1=as.data.frame(as.matrix(D))
D2=t(D1)
QTL <-100*(1:20) #pick 20 QTL
u <-rep(0,31620) #marker effects
u[QTL] <- 1
g <-as.vector(crossprod(D2,u))
h3 <- 0.6      #heritability 
y <- g +rnorm(346,mean=0,sd=sqrt((1-h3)/h3*var(g)))
#Saving simulated filewrite.table(y,"H60Q20.txt", sep="\t")

以上就是關于“R語言怎么實現模擬表型數據”這篇文章的內容,相信大家都有了一定的了解,希望小編分享的內容對大家有幫助,若想了解更多相關的知識內容,請關注億速云行業資訊頻道。

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